博物馆行政大楼设有电动扶梯的隧道与博物馆展厅相连。建馆工程包括博物馆展览大楼和行政大楼两部分。澳门博物馆第三层侧在炮台上。博物馆共分三层，保存澳门几个世纪以来东西方的文化交汇、和谐共存的多种面貌。其中首两层位于炮台地面之下，澳门博物馆于1998年4月18日建成启用，行政大楼设有行政及技术人员办公室、博物馆藏品仓库、修室、工场、电脑部，保安中心及演讲厅等等。澳门博物馆官网（www.macaumuseum.gov.mo）第一层介绍澳门地区文明的原始；第二层展示澳门民间艺术与传统；第三层介绍了澳门当代特色。
