中期检查等工作。在研究生后期培养过程中，2002年开始建立研究生管理信息系统。为保证学位授予质量，在学位授予方面，重点加强了开题。
博士研究生要在相关专业SCI收录期刊以第一作者发表论文一篇。“十五”期间研究生的科学研究工作及其所发表的大量论文对安徽医科大学科学研究事业的发展起到了积极的推动作用，研究生发表论文的要求进一步提高，对实现安徽医科大学由教学型大学向教学研究型大学转变做出了巨大贡献。硕士研究生要在相关专业国家级核心期刊以第一作者发表论文一篇、 从2003年开始。
围绕学校“做大做强”的目标，安徽医科大学研究生学院网站“十一五”期间，安徽医科大学研究生学院树立科学发展观，在校党委和行政的正确领导下，大力发展研究生教育，进一步加强学科、学位点建设，导师队伍建设，研究生教育管理等各个方面工作;进一步协调研究生教育规模与质量提高之间的关系，坚持“以人为本”，以全面提高研究生培养质量作为研究生教育发展的终极目标，积极引导全体研究生、研究生导师及管理人员广泛地参与研究生教育改革与发展的各个领域。
博士研究生在国家级核心期刊发表论文一篇。在论文发表要求方面，安徽医科大学研究生学院官网 yjsxy.ahmu.edu.cn 自2001年开始要求硕士研究生在申请学位前必须以安徽医科大学为第一作者单位在中国科技论文统计源期刊公开发表论文一篇、2000年以前授予学位没有公开发表论文的要求。
另有港澳台自费兼读制研究生73人，截至2012年上半年，统招硕士生2728人。在校统招博士生179人、在职攻读硕士专业学位研究生127人。共有博士生导师152人、硕士生导师近1300人。
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