港口主营业务形成“一轴两翼”发展布局，集装箱业务以钦州港区为中轴，并通过“穿梭巴士”进行钦北防三港区间干支线集疏，培育区域集装箱干线港；以防城港区为“左翼”，发展大型散货码头，主要服务本地及云贵川等西南区域；以北海港区为“右翼”，主要服务临港企业工业及桂东南区域；贵港港区则围绕自治区“双核驱动”战略，通过布局内河港与海港的一体化运作，有机衔接北部湾经济区和西江经济带，着力打造成为西江流域港口物流标杆。北部湾港物流。
北港股份目前拥有及管理沿海生产性泊位72个，万吨级以上泊位65个，10万吨级以上泊位26个，15万吨级以上泊位11个，20万吨级以上泊位2个，年吞吐能力超过2.65亿吨。截至目前，共开通内外贸集装箱航线52条，其中外贸集装箱航线28条，北部湾港集装箱，内贸集装箱航线24条，基本实现了东盟国家及全国沿海主要港口全覆盖。
2019年北部湾港集装箱增速超过30%，公司营业利润率、净资产收益率高。北部湾港（本港）货物吞吐量从2015年的1.28亿吨增长到2019年的2.05亿吨，年均增长率达12.47%，其中集装箱从2015年的141万标箱增长到2019年的382万标箱，年均增长率达28.30%，远高于全国沿海港口平均增长水平。近年来，北部湾港生产经营始终保持高速增长势头。
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