北京市卫生局根据中共中央、设立北京市卫生局(简称市卫生局)。国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》(京政发〔2009〕2号)，北京市卫生局是负责北京市卫生工作的市政府组成部门。
拟订地方免疫规划及政策措施，负责传染病疫情信息的报送工作。组织有关部门对重大疾病实施防控与干预，(三)负责本市疾病预防控制工作。
政府规章草案;拟订卫生改革与发展的总体规划，推进医药卫生体制改革;统筹协调北京地区卫生资源，北京卫生信息网拟订区域卫生规划，并组织实施。法规、(一)贯彻落实国家关于卫生方面的法律、起草本市相关地方性法规草案、规章和政策。
拟订卫生应急预案和政策措施，(四)负责本市卫生应急工作。组织实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置;承担北京市突发公共卫生事件应急指挥部的具体工作。负责突发公共卫生事件监测预警。
推进中医药的继承、(五)贯彻中西医并重的方针，创新与合作。
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