2001年 元培计划管理委员会成立，标志着肩负北京大学教育改革使命的元培计划开始实施;
自由选择专业和课程
自由选择全校任意课程，并在经过一段学习之后再依照兴趣和能力自由选择专业方向。学生可在学校教学资源允许的条件下。
交叉学科专业
根据需要设立新专业的功能。“政治学、已经开始招生的交叉学科专业有“古生物学”、学校赋予元培学院利用学校现有资源，经济学与哲学”和“外国语言与外国历史”。2014年元培学院开设了全新的“整合科学专业”，组织全校最好的教师群体教授相应课程，目的是将数学、物理、北京大学元培学院网站化学和生物等学科相互打通并做内在整合，以培养既有扎实的数理化基础，又对生命科学这一蓬勃发展的新学科有深刻了解的人才。
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