采访编目部、期刊流通部及信息咨询部。图书流通部、自动化部、现馆于1989年建成并投入使用。图书馆各项工作全面实行计算机自动化管理。办公室、图书馆现设有馆长室、北京大学医学图书馆始建于1922年，自1993年起。
教、医学图书馆文献资源与北京大学各附属医院图书馆文献资源协调配套，善本古代图书，图书馆特藏有珍、其中有中国大陆唯一珍善本——手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100册。研工作所需的医药卫生文献保障系统。共同形成全校医。
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