恢复独立办学；1993年，与中国中医研究院合并；北京中医药大学官网，1977年，前身为北京中医学院，入选国家“211工程”重点建设大学；2000年，与北京针灸骨伤学院合并，组建新的北京中医药大学；2011年，入选国家“985工程优势学科创新平台”建设高校。学校现有3个校区 ，分别为和平街校区、北京中医药大学官网·首页望京校区和良乡校区。被中央确定为全国重点高校；1971年，更名为北京中医药大学；1996年，是国务院批准最早创办的高等中医药院校；1960年，北京中医药大学始建于1956年，两院分开。
学校致力于构建面向未来的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、公共事业管理、工商管理、北京中医药大学官网，信息管理与信息系统、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）11个本科专业。学校现设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、研究生院、国际学院、继续教育学院、远程教育学院、台港澳中医学部、国学院等教学机构。
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