昂然踏入千禧年，国泰于2000年录得港币50亿丰厚的溢利，但在往后数年却遇上美国911事件、第二次海湾战争及沙士疫潮等严峻的挑战。同时国泰航空亦透过每天来往伦敦、洛杉矶、纽约、悉尼频密的班次，及增强于其他主要长途及区内航点的服务，加强了香港与其他环球枢纽的联系。尽管面对艰难的经营环境，国泰航空公司，国泰积极于美国911事件后展开「国泰航空万张机票赠全城」大型香港旅游业推广活动，另外亦举办了「同心为香港」全民运动，以协助重振受沙士严重冲击的香港经济。国泰总部国泰城在1999年中于香港国际机场落成，这项庞大的计划标志着国泰对香港的前途充满无比信心，带领业务迈向新纪元。
随后国泰航空集团立即着手整合国泰及港龙的航空网络，加强香港航空枢纽的联系能力。港龙航空自整合后透过国泰庞大的国际航空网络增强其服务，国泰，开设共八个新航点，为旅客提供更多选择之余，亦加强巩固香港作为航空枢纽的地位。在公司六十周年的同一年即2006年，在9月28日国泰航空签署协议，与中国国际航空建立更紧密的伙伴关系，彼此持有对方17.5%的股份，同时纳入港龙为国泰航空集团辖下全资附属公司，结合国泰的国际航空网络及港龙覆盖20多个城市的内地网络，大大发挥协同效益。
初期他们均以上海为发展基地，后来决定迁往香港，并成立航空公司。成立初期，国泰开办往返马尼拉、曼谷、新加坡及上海的客运及货运航班，业务发展十分理想。于John Kidston Swire的领导下，国泰航空公司，Butterfield&Swire随即全权负责国泰的营运。期后10年间，随着国泰引进头等客位及经济客位，机队不断扩展，而且服务日益完善。国泰航空由美国籍的Roy C Farrell及澳洲籍的Sydney H de Kantzow于1946年9月24日创办。1948年香港主要的商行之一的Butterfield&Swire（即太古集团前身），收购了国泰的四成半股权。
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