境内有海拔1576米～1820米，海拔从1820米的高天山至450米的黄河畔，吉县三面环山，可分为基岩山区、黄土丘陵区、残垣沟壑区等几种地貌。长8～18公里的五座大山横穿东部和中部，地形复杂，县境内山峦起伏、东高西低，沟壑纵横、一面滨水，吉县政府网高差大。
已探明储量10亿多吨。至2012年，煤炭分布面积238平方公里，吉县煤炭资源丰富。
爬行类5种，吉县境内的陆栖动物有50余种。哺乳类11种，其中鸟类25种，两栖类2种，大型动物有狼、豹、野猪、野羊等。
49科;有草本植物180种，吉县的植物资源比较丰富，吉县政府网官网 www.zgjx.gov.cn 有木本植物194种，至2010年，44科;有中草药141种。吉县的树种以油松、落叶松、刺槐、黄柏、杨树为主。经济林以木本粮油为主，有苹果、核桃、红枣等。
较历年平均值偏多100.1毫米。吉县水资源量6130万立方米，年降水量596.3毫米，其中地下水2880万立方米。吉县政府网年总用水量389.9万立方米，比2012年增长2%。其中：生活用水178.2万立方米，比2012年增长2%;生产用水211.7万立方米，比2012年增长3%，其中工业用水43.6万立方米，农业用水150万立方米。
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