有本科专业80个（其中国家级特色专业18个），形成了文理并重、基础宽厚、突出应用与创新的办学特色。南开大学学科门类覆盖文、史、哲、经、管、法、理、工、农、医、教、艺等。有专业学院22个，在长期的办学过程中，南开大学官网（www.nankai.edu.cn）并设有研究生院、继续教育学院、现代远程教育学院，南开大学是国内学科门类齐全的综合性、研究型大学之一。硕士点231个，博士点172个，博士学位授权一级学科29个，博士后科研流动站28个。有一级学科国家重点学科6个（覆盖35个二级学科），二级学科国家重点学科9个，国家重点（培育）学科2个，一级学科天津市重点学科27个。有国家级重点实验室2个，国家工程研究中心1个，教育部重点实验室8个，南开大学官网科技部重点实验室1个，国家环保总局重点实验室1个，教育部工程中心3个，天津市重点实验室13个，天津市工程中心1个，国家基础学科人才培养和科学研究基地9个，大学生文化素质教育基地1个，国家外专局“111”创新引智基地5个，基金委创新群体4个，教育部创新团队（2013年度）3个，全国高校人文社会科学重点研究基地7个，“985工程”哲学社会科学创新基地7个，“985工程”科技创新平台4个。学校积极构建和发展适应21世纪经济社会发展和人才培养需要的学科体系。
开办“创业班”，建设“青年创新创业实践基地”，打造创业服务和项目预孵化的实体平台。制定实施《南开大学素质教育实施纲要（2011—2015）》，出台《本科生素质发展辅学指导意见》，建立“立公增能”学生素质发展辅学支持体系，全面构建南开特色的“公能”素质教育体系，促进学生全面发展。以“注重素质、培养能力、强化基础、拓宽专业、严格管理、保证质量”为教学指导思想，把“课堂教学—校园文化—社会实践”的有机结合作为育人的基本环节，推进创新创业教育，珍视“文以治国、理以强国、商以富国”的办学理念，塑造学生健全人格、高尚品德、创新精神和实践能力。实行弹性学制、学分制、主辅修制、双学位制。以杰出校友周恩来为楷模，南开大学不断强化学生全面素质和创新能力的培养。
现有全日制中国在校学生24525人，南开大学具备培养学士、硕士、博士和博士后的完整教育体系。博士研究生3296人。有成人教育学生2786人，远程教育学生43037人。其中本科生13067人，硕士研究生8162人。
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