交警支队内设20个职能科(室、队)：
法规、廉洁勤政教育;负责监察党章、党纪和政策法规的执行情况。(三)督察科 负责对全市交警系统执行有关政策、规章情况和重要工作进行督察;负责纪律检查工作。
国有资产管理;负责支队基本建设、房地产的维修管理;负责医疗卫生工作。(四)后勤装备科 负责组织分配装备物资;负责支队后勤保障。
检查、负责支队财务管理工作;负责交警经费基本建设资金筹集、指导;负责制定并组织实施财务收支计划，(五)财务科 负责对全市公安交警经费财务活动进行内部监督、账务处理，南通市公安局交通警察支队互联网交通安全服务管理平台网站负责组织政府采购项目的招投标及预决算的审计;负责日常的财务档案及本科文书档案的管理工作。
执法质量考核评议工作;指导和承办交警系统行政应诉案件;负责承办支队其他诉讼或非诉讼法律事务;负责直属各大队刑事案件、行政拘留案件的审核;负责全市交警各项法制教育培训及业务工作指导。(六)法制科 负责组织实施全市公安交警系统内部执法监督。
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