监察室、信息技术科、归集管理科、承担着全市行政区域内住房公积金管理运作的职能。行政服务处、资金运作科、政策法规科、客户服务中心，以及崇川区办事处、南通住房公积金网开发区办事处、政务中心办事处、通州湾办事处和通州、海安、如皋、如东、海门、启东十个经办网点。 中心内设综合科、财务审计科、会计核算科、南通住房公积金网为市政府直属副处级事业单位。
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