南通大学研究生院网站提供招生、南通大学研究生院培养、思政、学位、学科建设、就业指导、答辩公告等信息及研究生教育教学管理系统、研究生学位论文评审系统、本科生推荐免试申请系统、同等学力课程学习报名系统等信息平台。负责学校研究生招生、教育、管理工作。
10个硕士专业学位点，22个一级学科硕士点，现有研究生2700余人。南通大学拥有基础医学、临床医学、南通大学研究生院官网（yjs.ntu.edu.cn）信息与通信工程3个一级学科博士点。
