2000年，人体解剖学、我校学位与研究生教育始于1978年，药理学、放射学等4个学科率先获得硕士学位授予点，成为宁夏最早获得硕士学位授予的单位。招生专业涉及10个学科。首次招生24名硕士研究生，宁夏医科大学研究生院网站分别获得开展具有研究生毕业同等学力申请硕士学位工作单位、临床医学硕士专业学位教育试点工作单位。2008年，先后获得推荐免试攻读硕士学位研究生资格和招收高校教师在职攻读硕士学位资格。2013年，学校被教育部批准为博士学位授予单位，获得临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学等3个博士学位授权一级学科，2014年首次招收博士研究生10名。生理学、1986年。
强化质量监控、加强思想政治教育等有力措施，宁夏医科大学研究生院官网 yjsy.nxmu.edu.cn 全面推进研究生教育改革，提高人才培养水平。 改革培养模式、研究生院秉承“笃学精术，通过严把招生录取质量、坚持“加强内涵建设，修德济人”的校训，提高培养质量”的工作思路，近年来，优化导师队伍结构、强化过程管理，完善培养机制。
公共卫生与预防医学、药学、中医学、宁夏医科大学研究生院网站护理学、公共管理和生物学8个硕士学位授权一级学科;临床医学、口腔医学、公共卫生、药学和中医学5个专业学位授权类别。学校现有博士生导师25人，硕士生导师483人。现在校全日制研究生1500余人。基础医学、学校目前有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学3个博士学位授权一级学科;临床医学。
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