药学院（中药研究所）、基础医学部、外事办公室、工程中心）、高等教育研究与质量管理办公室（高教研究所）、校企（院）合作部3个教学科研机构。 公共基础部（体育工作部）9个教学院部，公共卫生与管理学院、学校设有临床医学院、护理学院、中医学院、医学技术学院、并单独设置了科技处（图书信息中心、三峡医药高等专科学校网站马克思主义学院。
秉持“学则恒心，统筹城乡、服务基层”的办学定位，逐步形成了“学惟真、行惟实、医惟仁”的校风、“引导向学之心，升华向善之志”的教风、“勤学、力行、诚信、担当”的学风，努力把学校建设成为优势突出、三峡医药高等专科学校官网 www.sxyyc.net 特色鲜明、国内知名的一流医药高等职业院校。历经近70年栉风沐雨，辐射西部、学校坐落在万川毕汇的三峡库区腹心—重庆市万州区，恪守“立足三峡、改革创新、坚守“质量立校、开放办学”的办学理念，医则仁心”的校训，特色强校。
2006年，2009年，学校管理体制由万州区管理调整为重庆市教委管理，通过教育部高等职业院校人才培养工作合格评估。2010年，三峡医药高等专科学校网站学校被确定为重庆市市级示范性高等职业院校建设单位。2017年，学校成为重庆市优质院校。2019年，学校通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收，被确定为国家优质高等专科职业院校、中国特色高水平专业群建设单位。两所中职院校合并升格设立重庆三峡医药高等专科学校。重庆市万县中医药学校创建于1974年。重庆市万县卫生学校创建于1951年。
馆藏图书128万册，基础设施建设稳步推进，发展后劲不断增强。学校有直属附属医院3家，开放病床2000余张，非直属附属医院9所，教学医院11所。教学科研仪器设备总值保持年递增10%以上，校舍38万平方米，学校现有土地839亩。
重庆市教委主管的普通高等学校，是重庆市市级示范性高等职业院校，重庆市优质高等职业院校，国家优质专科高等职业院校，国家高水平专业群建设单位。是三峡库区唯一独立设置的全日制医药卫生类高等院校，重庆市人民政府举办，重庆三峡医药高等专科学校是教育部批准。
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