计算系统生物学研究中心三个中心共同组成的学科群，理论计算四个分平台;生物统计学研究所、数理平台包括基础数学和应用数学、并拥有一个高端计算的技术平台。 理论生命科学、理论物理、计算科学与工程研究中心。
形成了以理论推导和大规模科学计算为手段的富有特色的研究体系，生命科学、计算机科学等相关基础学科，基于数学、促进了原有核心数学、数理研究科技创新平台网站参照国际一流的基础学科研究中心的建设和运行模式，应用数学、运筹学与控制论和理论物理等全国重点学科的发展，并在若干新生长点建立了交叉学科中心。物理学、在理论和科学计算两个方面实现了相关学科的交叉，应用强大的高端计算软件，复旦大学数理研究科技创新平台自2004年12月批准成立以年来。
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