1996年，列为中组部直管高校。实现由教育部和上海市"共建"。2004年，1995年，上海航空工业学校划归同济大学管理。组建成新的同济大学。2000年，2003年，上海城市建设学院和上海建筑材料工业学院并入。与上海铁道大学合并。
研究型、2013年，2007年建校百年之际，同济大学就业信息网具有国际影响力的综合性、同济大学已发展成为一所特色鲜明、国际化大学。学校提出"建设以可持续发展为导向的世界一流大学"的目标愿景。
确立了"知识、努力使每一位学生经过大学阶段的学习、熏陶以后，具有"扎实基础、实践能力、创新思维、国际视野、社会责任 "五方面综合特质，成为引领可持续发展的专业精英与社会栋梁。创校至今，同济大学就业信息首页 tj91.tongji.edu.cn 先后培养了30余万名毕业生，造就了一大批杰出的政治家、科学家、教育家、社会活动家、企业家、医学专家和工程技术专家。校友中当选中国科学院、中国工程院两院院士的有140余人。能力、人格"三位一体的人才培养模式，同济大学始终把培养拔尖创新人才作为崇高使命和责任。
国内第一个"地面交通工具风洞中心"、先后承担了一系列国家重大专项、重大工程科研攻关，取得了大跨度桥梁关键技术、同济大学就业信息网结构抗震防灾技术、城市交通智能诱导、城市污水处理、新能源汽车研发、国产化智能温室、大洋钻探、心房颤动分子遗传学等标志性科研成果。国内第一个"城市轨道交通综合试验平台"、国内第一个"海底观测研究实验基地"等一批重大科研平台。同济大学已建成世界规模最大的"多功能振动实验中心"。
以科教济世"的优良传统，积极为国家和地方社会建设发展作出贡献，为国内桥梁与隧道、城市轨道交通、水环境治理、抗震救灾、洋山深水港、上海世博会、崇明生态岛、新能源汽车等重大战略需求提供了强有力的科技支撑。学校与地方政府联合推动建设"环同济知识经济圈"，产值从初期2005年的不足30亿元发展到2013年的220多亿元，开创了"三区融合、联动发展"校地合作的典范模式。学校长期注重发挥优势学科和基础研究的溢出效应，不断拓展社会服务的形式和领域，秉承"与祖国同行。
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