1998年6月新疆医学院与新疆中医学院合并成立了新疆医科大学，新疆医学院的兴建，新疆医科大学坐落于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市风景秀丽的鲤鱼山下，周恩来、朱德等中央领导人的亲切关怀和大力支持，毛泽东主席亲自决策将新疆医学院的建设纳入“一五计划”156个重点项目。其前身新疆医学院始建于1954年，是一所具有光荣传统的高等医学院校，医科大学网站江泽民同志题写了校名。2011年11月4日，国家卫生部与自治区签署了共建我校的协议，为学校各项事业的发展带来了新的动力和机遇。受到了毛泽东、1956年建成招生。
以素质教育为基础，以大学生思想政治教育为中心”的育人理念，向着全员育人、全过程育人、全方位育人的德育格局发展。高度重视“以德育人”，新医大长期坚持“严进严出、努力构建起了各民族医学人才教育教学质量共同提高、医科大学首页 www.xjmu.edu.cn 从严治教”的教学理念，严格管理、强化教学管理，在教育教学上，协调发展的培养模式。不断改善教学条件，遵循“以学生为主体。
有2个国家级实验教学示范中心;7个自治区级实验教学示范中心;5个自治区级教学团队;1个国家级人才培养模式创新实验区;1门国家级精品课程，19门自治区级精品课程;1门国家级双语教学示范课程;2门自治区级思政重点课程。学校共开设23个本科专业，目前，其中包含6个国家级特色专业，22个专科专业。
中维西医结合学、包虫病学等特色学科上，取得了可喜的成绩，在国内外产生了一定的影响。医科大学网站学校科研项目和科研经费不断增，2009-2014年期间分别获国家自然科学基金项目44项、65项、66项、77项、88项、92项;省部级科研项目2009-2014年期间分别获省部项目64项、113项、147项、159项、189项、222项。各类科研经费额由1998年的26.8万元增加到2014年的10915万元。多年来新疆医科大学始终围绕新疆重大疾病、在科学研究上，在新疆少数民族特高发疾病学、特高发疾病防治及区域特殊药物资源开发展开科学研究工作。
在医院建设和医疗工作中，学校紧紧围绕新疆医疗卫生事业发展和各族人民健康需求，大力倡导以人为本、构建和谐医院的理念，推进医院的基础设施和内涵建设。经过多年的发展，6所附属医院的医疗条件和设施得到了较大改变，医疗技术水平和服务质量不断提高，基本实现了重大疾病不出疆即可得到满意治疗的目标，为各族群众提供了优质的医疗保健服务。一流的就医条件和先进的医疗技术吸引了大批周边国家的病人到附属医院求医就诊，附属医院的影响力不断提高。截止2014年12月底，各附属医院固定资产已达44.53亿元，总门诊人数578.34万人次，住院人数35.75万人次，手术例数12.42万例，实现业务收入69.74亿元。学校临床教学及实习基地集中了全疆优质医疗资源，在医院建设和医疗服务上，其中5所为三级甲等医院。有6所直属附属医院。
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