包括模式识别国家重点实验室、脑网络组研究中心等科研部门。国家专用集成电路设计工程技术研究中心、还有若干与国际和社会其他创新单元共建的各类联合实验室和工程中心。自动化所现设科研开发部门14个，中国科学院分子影像重点实验室、复杂系统管理与控制国家重点实验室。
也是国内首个“人工智能学院”牵头承办单位，自动化所同时是“脑科学与智能技术卓越创新中心”的依托单位之一，智能算法到智能系统完整的学科分布和优势领域。中国科学院自动化研究所(以下简称自动化所)成立于1956年10月，“十三五”科教基础设施项目“脑认知功能图谱与类脑智能交叉研究平台”的法人建设单位，智能芯片、具有从智能机理、是我国最早成立的国立自动化研究机构和最早开展类脑智能研究的国立研究机构。
计算机应用技术等1个二级学科博士研究生培养点，硕士学位授予权单位之一，自动化研究所是1981年国务院学位委员会批准的博士、并设有控制科学与工程等1个一级学科博士后流动站，中国科学院自动化研究所网站共有在学研究生1157人(其中硕士生584人、博士生573人)。在站博士后65人。现设有控制科学与工程等1个一级学科博士研究生培养点。
《IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica》(SCI期刊)、自动化所是中国自动化学会和中国图象图形学学会的挂靠单位;是《自动化学报》、《International Journal of Automation and Computing》的主办单位。
心无旁骛，中国科学院自动化研究所始终围绕“打造新时代智能科学与技术战略科技力量”的使命目标，新的征程上，锐意进取，为实现中华民族伟大复兴的中国梦提供有力支撑。 面向国家战略需求和布局。
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