共有国家重点实验室15个、至今已有335年的历史。厦门海关始设于1684年，14个隶属单位，下设21个职能部门（含副厅级缉私局），10个正处级事业单位；拥有全国唯一的“海峡两岸农产品检验检疫厦门中心”，现有干部职工3027人，现为直属海关总署的正厅级单位，区域性中心实验室13个。时称“闽海关厦门口”，离退休人员645人。
主要业务指标位居全国海关第9位左右。海港口岸3个、中华人民共和国厦门海关网站现有空港口岸2个、关区业务门类齐全，漳州、总面积4.42万平方公里，进出口总值占福建省8成左右，开放港区17个，各类海关监管场所78处、海关特殊监管区域4处、陆地港2处，海、陆、空、邮等海关监管业务一应俱全。中华人民共和国厦门海关官网 xiamen.customs.gov.cn 对台特色鲜明，监管全国70%的对台小额贸易业务、1/3的来往台湾地区旅客，是大陆最大的台湾水果、水海产品进口地，对台关务合作走在全国海关前列。 海岸线长1474公里，厦门关区业务管辖范围包括厦门、泉州和龙岩4地市。
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