广东大学改名为国立中山大学，就有了附属中学。1927年，中山大学附属中学和中山大学一样具有光荣的历史传统。1926年，名为省立中山中学。后来，因抗日战争、国内战争以及政治运动等历史变迁，学校颠沛辗转、拆、并、合、停，中山大学附属中学网站直到1993年，中山大学决定复名重开附属中学。至今，中山大学附属中学以“国有民办”体制已经蓬勃发展22年。附属中学划归广东省教育厅，始有中山大学附属中学。早在中山大学的前身广东大学时期，中山中学重回中山大学。
学校无固定校址和课室，1998年，后来，大学重新规划，复办之初，1999年，中山大学附属中学官网 www.sysuschool.com 中山大学划定西门内成人教育学院为附中范围。附中自筹资金建设教学楼，借用场地办学。历时一年，庄重、典雅的主教学楼落成。2001年，图书馆行政楼开始建设。2013年，高中教学楼建成，初中部和高中部开始有了各自独立的教学区域。20多年来，学校还不断对宿舍楼、实验楼、操场、中山大学附属中学网站广场等各项设施进行改造升级。2013年，学校对各建筑物征集命名，最后确定以孙中山先生为中山大学题写的校训、也是附中确定的校训来命名，蕴含附属中学和大学文化一脉相承之意。主教学楼(即初中教学楼)为博学楼，意为学生海纳百川，博学多识;高中教学楼为慎思楼，意为学生在博学的基础上辩证思考，探究真谛;行政办公楼为审问楼，意为学校领导班子要不断加强学习，叩问思考，审问办学思想，调整办学行为;综合实验楼命名为笃行楼，强调学生要动手动脑，不断创新;宿舍楼为明辨楼，住宿学生绝大部分时间都在学校度过，学校希望他们，当然包括所有学生都能在明确的是非观基础上形成正确的价值观。中学确定为现址。
人文气息浓郁的中山大学校园(南校区)西区。中山大学附属中学坐落在自然风景优美。
2001年通过区一级学校评估。
2002年通过市一级学校评估。
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