另外，常染色质经过染色体重排而移位到异染色质区或其附近，在异染色质影响下将导致常染色质的异染色质化，产生斑点位置效应(PEV)，使其中的基因表达受到抑制。因此过去人们通常认为异染色质是多余的，无特殊功用，也无表型效应。异染色质可以加强着丝粒区，以确保染色体的分离，并能使着丝点稳定化:同源染色体可通过其异染色质区的重复序列在减数分裂时配对，促进沿染色体全长的联会。染色体多态性主要表现为异染色质的变异，特别是含有高度重复DNA的结构异染色质。因此，异染色质的异常有可能影响在减数分裂时染色体配对联会，乃至影响配子的形成，进而导致不孕不育。结构异染色质集中分布于着丝粒、端粒、随体、次缢痕和Y染色体长臂。
染色体多态性有什么表现，染色体多态性，也是异常的一种现象，而且现在很多的研究发现，染色体多态性与一些疾病已经存在联系，所以对于这种现象大家也需要引起重视，这样才能够更好的避免受到一些疾病的影响和危害，下面就是关于染色体多态性的一些表现介绍，希望大家对于这些常识应该注意了解。
从分子水平上看结构异染色质所含DNA主要是"非编码"的高度重复序列，不含有结构基因，没有转录活性。但近年的研究表明，异染色质在着丝粒功能方面起着至关重要的作用，是姐妹染色单体结合和染色体分离所必需的。
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