2012年，我国医药卫生体制改革进入新的阶段，各级政府将进一步加大对基本医疗保障的投入力度，对城镇居民医保和新农合的财政补助标准将提高到每人每年240元，报销水平也将进一步提高。同时，进一步完善体制机制，谋求医疗保障事业可持续发展，将全民医保这张健康安全网织得更密更牢，推动“病有所医”的目标尽早实现。
与此同时，财政部积极会同有关部门重点加强基金监管，提高资金使用的安全性和有效性。要求各统筹地区建立基金运行情况分析和预警制度，既要防止基金结余过多，也要防止“收不抵支”。基金结余过多的，要适当调整补偿方案，提高参保人员待遇水平。出现收不抵支的，要通过改进结算方式、加强支出管理等途径，控制费用支出增长。建立医疗保险基金欺诈防范机制，杜绝骗保等欺诈行为的发生。完善基本医疗保险基金管理内控制度，形成部门之间、岗位之间和业务之间相互制衡、相互监督的内控机制。财政部还会同有关部门组织定期和不定期的专项检查，多方位、多角度地确保医保基金安全。
各级财政努力调整支出结构，不断加大对医疗保障的投入力度。2009—2011年，各级财政共安排医疗保障补助资金7326亿元，年均增长30。17%。城镇居民医保和新农合财政补助标准持续快速提高，从2008的每人每年80元提高到2011年的200元，每年平均提高40元。2009—2011年，中央财政共拨付新农合补助资金1475亿元，城镇居民医保补助资金257亿元。支持解决关闭破产国有企业退休人员等参保问题，在2008年安排补助资金80亿元的基础上，2009—2011年中央财政又安排专项补助资金429亿元。支持扩大城乡医疗救助范围和提高救助水平，2009—2011年中央财政共安排补助资金321亿元。
积极创新医保管理服务手段，方便群众看病就医加大政府投入力度提高资金使用效益
逐步提高医保统筹层次，增强医保基金抗风险能力，减少医保关系转移接续和异地就医。2011年，城镇职工医保、城镇居民医保基本实现了从县级统筹到市(地)级统筹的提升，京津沪和西藏还实现了省级统筹，基金共济能力大幅增强，医保关系转移接续和异地就医问题也大大减少。
积极推进医保付费方式改革，减少“大处方”和“大检查”。北京、上海、江苏镇江等地建立了按病种、按人头和总额预付等医保付费方式，吉林长春、四川成都等地积极探索医保“价格谈判机制”，医疗保险对医疗服务的制约和引导作用不断增强，促使医疗机构和医务人员逐步规范诊疗行为，遏制医药费用快速增长。
大力开展即时结算服务，减少“跑腿”和“垫支”。2011年，城镇职工医保、城镇居民医保和新农合分别在统筹地区内基本实现了即时结算，江苏、福建等地实现了省内异地就医联网结算，上海、海南等地进一步探索了跨省“点对点”联网或委托结算。城乡医疗救助也积极推进“一站式”结算服务，目前全国已有1300多个县市实现了医疗救助“一站式”结算。医疗费报销“跑腿”、“垫支”等问题逐步得到解决。
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