费用控制机制方面，所有医院全面推动电子化管理，全面推行全成本核算制度，强化费用监管，公立医院门诊平均费用和住院平均费用年递增率不得高于4%，强化药品和耗材采购监管。
深圳公立医院拟取消行政级别实施竞争上岗制度，调动医务人员的积极性和创造性。
实施全员聘用制度，对所有在岗人员实行合同管理，医院在确定的岗位设置方案范围内自主开展人员招聘工作；
医院在核定的授薪人员员额范围内实施岗位设置管理制度，自主确定岗位设置方案，不设最高行政管理岗位等级；
人事编制制度方面，将实行授薪员额管理。
据悉，在医院管理体制方面，将实行理事会领导下的院长负责制，取消医院行政级别，实行“去行政化”管理，推进医院管理团队职业化建设。医疗纠纷处理机制方面，普及医疗责任保险，在公立医院全面推行医疗责任保险和医疗意外保险制度，普及社工制度。
保险，深圳公立医院拟取消行政级别深圳市卫生和人口计划生育委员会提出了公立医院改革的初步方案思路。为了实现公立医院的政事分开，深圳公立医院拟建立法人治理结构，其中包括实施医院管理体制、医疗纠纷处理机制、人事编制制度、费用控制机制等十项法人治理机制。
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