经审计，2008年至2009年，银行代收的农民工医疗保险基金的银行活期存款利息共计11万余元，未分配到农民工的医疗保险基金中，而是全部计入统筹基金账户，相当于“充了公”。2009年9月至12月，调拨至企业社保基金支出户的周转金活期利息，也未计算分配至农民工医疗保险基金中，而是计入基本医疗保险基金。
市审计局认为，现行的农民工医疗保险基金每人每月缴费12元中，6元作为门诊统筹基金，5元作为大病统筹基金的结构需要调整。
保险，深圳农民工医保基金被挪用农民工“年纪轻、大病少”，这决定了农民工患者的特点是小病相对多，住院相对少。审计发现，从基金运行情况来看，目前深圳农民工门诊统筹基金收支平衡压力增大，超支的医疗机构逐年增加，而大病统筹 基金结余较多，截止到2009年底，深圳农民工大病统筹基金结余达5.6亿元，结余惊人。
据悉，导致农民工门诊统筹基金 超支的原因主要有，随着农民工医疗保险制度的运行及宣传，农民工的合理看病需求得到了释放，就诊率不断提高；其次是近年来医药费、医疗器械的价格不断上涨；还有一个重要的原因是，一些医院存在滥检查滥治疗现象，致使检查治疗费用上升。
深圳农民工医疗保险实行由各定点医疗机构根椐绑定的参保人数包干使用，此次对85家定点医疗结算医院进行了审计调查，结果显示，2008年度有19家医院出现超支；2009年超支的结算医院更是上升至49家，占结算医院85家的57%，超支金额为9316万余元，使得深圳市不得不动用调剂金2408万余元。
记者6天从深圳市审计局刚刚公布的审计报告中获悉，深圳建立的农民工医疗保险基金，因较低的缴费比例，合理的报销费用，满足了深圳农民工的基本医疗需求，受到了农民工及用工企业的欢迎。但是审计也同时发现，深圳农民工医疗保险基金在使用和管理上，存在着诸如门诊住院统筹费用不合理、医院滥检查滥治疗、该计入的利息“充了公”等等问题。
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