大棚内的蔬菜会需要很多的养分，但是在蔬菜施用化肥时，应该避免化肥浓度过高，如果浓度大会让蔬菜有着不好的影响。
如果棚土水分不足，施肥后，棚土内肥料浓度大，引起蔬菜细胞内水分反渗透，造成蔬菜脱水，往往使蔬菜出现萎蔫。配合施用化肥为了避免高盐分危害反季生长的蔬菜，可将有机肥与无机化肥配合施用，但化肥的施用量不能过多、浓度不宜太大。一般生长期短或以根、茎、叶为收获物的蔬菜，可用1/3-1/2的氮肥，全部的磷、钾肥及微肥作基肥。剩下的氮肥作追肥，在蔬菜生长盛期分次施用。而瓜果类的反季蔬菜可把1/3氮肥，2/3磷钾肥和全部微肥作基肥施用，其余的氮肥、磷钾肥分次作追肥施用。也可利用尿素、磷酸二氢钾进行叶面喷施，提高利用率，也可减低化肥直接施入土壤，而带来的盐分大量增加。轻者影响蔬菜的正常生长发育，重者造成反季菜的脱水型肥害而死苗。
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