土壤酸化、碱化、盐渍化现象不断出现，不仅严重影响了农业生产的可持续发展，也对人类健康构成了极大威胁，为了保护人类生存环境，探索生态农业可持续发展的新路子许多国家对化学肥料的投入已经做出了不同程度的限制，并开始引导农业向全面利用有机生物肥料逐渐过渡。随着化学肥料的施用量逐步增多，土壤质量不断下降。
目前欧美等西方国家的生物有机肥料的使用已达到总用肥量的40%以上。 使用生物有机肥料是提高农业效率，减少碳排放和保障农产品质量安全的重要手段。2003年，我国相关部门首先拨专款在全国进行60个生态县试点建设，要求“各县三分之二的土地不能施用化肥，只能施用微生物肥料和有机肥”。国内一些主要农业省份和地区，凭借各自得天独厚的自然资源和生态环境优势，纷纷提出了“打绿色牌、走特色路”的发展战略。我国政府也特别强调生物肥料的推广应用，曾在农业开发署会议上承诺，在二十一世纪初要实现生态农业。
五十年代初期国外引进的“硅酸盐类解磷解钾细菌”等肥料还在继续沿用。多用生物肥料同时改善土壤质量， 但就我国目前农业生物领域的主导产品而言，生物菌种更新速度十分缓慢。这些细菌类生物产品的功能性单一、老化程度高、使用效果较差、农民使用的积极性不高，因此为了把“绿色”进行到底，我国还需要在这方面做大量的研究工作。
生物肥料菌种功能之比较
酵素菌是一种复合型菌类，由细菌、酵母菌和放线菌等3大类构成。二是根瘤菌类。该种菌类归属细菌类范畴，欧洲、比较常用。它可以通过自身的固氮功能，可以将空气中的氮素固定到根瘤中，再通过根瘤将氮素输送给豆科植物，对禾本科作物没有效果。该菌种生物功能性比较单一，不具备分解土壤有机物质、解磷及其释放生理活性物质的功能。三是硅酸盐类解磷解钾细菌。由于该菌种严重退化，加之菌种自身功能的局限性，使用效果已明显降低。四是芽孢杆菌类菌种。该菌种对植物的防病、抑病效果较好，但对分解和转化土壤中的有机物质、活化土壤中被固定态磷、释放植物生理活性物质效果不明显。五是真菌类生物菌种。PPF促生真菌是一种青霉属类真菌。该种真菌通过其特有的内生与外生菌根，可以分泌多种酶类，这些酶类对土壤中有机物质的降解和被固定态磷酸盐的活化具有显著的效果可以明显提高根底土壤的养分库容。PPF促生真菌的代谢产物，可以有效抑制土壤中病原菌和病毒的生长与繁殖，净化土壤，减轻土传病害的发生。其菌根分泌大量的生理活性物质，例如：细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等，这些生理活性物质，可以明显提高植物的发根力和对某些中、微量元素的吸收能力，促进植物生长发育，增加抗旱、抗病、耐盐碱等抗逆性能。该种复合菌起源于日本，对分解有机物质具有明显的效果，通常被作为有机肥料的腐解剂，但不具备解磷、释放生理活性物质和抑制土传病害的功能。 纵览世界各国生物肥料菌种之种类，无外乎如下几类：一是酵素菌类。
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