一定要使用农药进行处理，否则将会造成不可挽回的危害。番茄的根系变成了黄褐色甚至黑色的是西红柿的根腐病，植株茎上长出小疙瘩且茎的髓部变空、变黑的是细菌性髓部坏死病。
番茄根变黑用农药进行灌根番茄种植技术，西红柿根腐病主要危害根部，发病初期主要是主根和茎基部产生褐斑，后逐渐扩大凹陷，严重时主根变褐腐烂，不长新根，导致地上部逐渐枯萎。
西红柿细菌性髓部坏死病发病初期植株上部叶片萎蔫，病茎表面生“小疙瘩”，后再逐渐长出不定根，纵剖病茎可见髓部变成黑色或出现坏死，维管束褐变，这些病变多发生在植株外部无病变的地方，造成植株枯死，湿度大时菌脓从茎伤口和不定根溢出。该病借水流传播蔓延，进行再侵染。病菌多从整枝伤口处进行侵染，并通过水流、农事操作等传播蔓延。
也可在定植时把上述药剂使用到定植穴里，定植穴里使用药剂时要把农药与土混拌均匀，防止发生药害。发病初期要及早拔除病株，同时将病株根部的土挖走再撒些多宁进行消毒，注意先不要浇水，可以选用美派安800倍液+多宁600倍液或甲基托布津800倍液+多宁600倍液或恶霉灵1500倍液+金雷多米尔800倍液+叶枯唑1500倍液等进行灌根，每5-7天灌药一次，连续灌药2-3次。根据这两种病的发病规律，建议以后在定植西红柿前要对土壤进行消毒，翻地前亩用美派安500克和多宁1000克均匀撒施，栽培管理过程中要平衡施肥、小水勤浇，切忌大水漫灌。
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