应采取有效的措施来进行防治。除柑桔外，还为害芒果、番石榴、番荔枝、阳桃、枇杷等200余种果实。幼虫在果内取食为害，常使果实未熟就先枯黄脱落，严重影响产量和质量。柑桔小实蝇为双翅目，实蝇科。
高招防治柑桔小实蝇有：人工防治、果实套袋和防治。
受害果园在落果期应及时落果，经常摘除树上有虫害果。人工防治柑桔小实蝇属于全变态型，切断转换链都可降低下一代的繁殖系数。处理方法有烧毁、水烫和深埋，具体操作方法：对虫害果可采用进行集中烧毁或加石灰投入粪池沤浸，或用沸水水烫处理；或进行喷杀后深埋50cm以上。
果实套袋可以有效的减少多种病虫的危害，提高水果的品质，能够生产无公害的水果，值得推广和应用。番石榴、杨桃果实可用薄膜套袋，芒果果实宜用无纺布套袋。高招防治柑桔小实蝇，果实套袋防治柑桔小实蝇，在果实幼果期尚未被虫危害时，及时进行套袋，可以有效的防止成虫产卵而造成危害。
一般5-8月为柑桔小实蝇成虫的羽化高峰期，用50%马拉硫磷乳油1000倍或50%辛硫磷800-1000倍喷洒果园地面，每7天喷一次，连续喷杀2-3次，杀灭入土化蛹的老熟幼虫和出土羽化的成虫。其次，采用喷剂喷杀处理，在柑桔小实蝇成虫高峰期内，用90%敌百虫800倍或80%敌敌畏800-1000倍对树冠和果园周围的杂草进行喷雾杀灭成虫，喷杀时间为下午4-6时喷杀效果更佳。防治柑桔小实蝇，首先进行土壤杀虫处理，重点应放在受害严重的果树树冠下的土表层。
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