要保证黑番茄健康成长，就要注意防治黑番茄的生理性病害，这些病害主要有畸形果、空洞果、顶腐病、裂果、筋腐病、日烧病等，下面我们看一些黑番茄常见的生理性病害的防治方法。黑番茄果实生长发育过程中会遇到一些生理性病害。
畸形果在黑番茄花芽分化及发育时期容易发生，即在低温、多肥、水分及光照充足下，而且在氮素过多的时候，生长点部位营养积累过多，正在发育的花芽细胞分裂过旺，开花后因为各心皮营养不均衡，会导致番茄各心皮的发育程度不同，就会造成多心室的畸形果。首先是畸形果的防治。为防止畸形果的发生，育苗期间，要控制适量的温度，温度不宜控制过低，水分及营养必须调节适宜，不可过多，也不可过少。
造成这种情况的原因主要有黑番茄生长过程中，使用调节剂浓度过高，造成黑番茄受精不良，同时，大棚温度过高，阳光不足，或施用氮肥过多，营养生长过旺，果实碳水化合物积累少等也容易形成空洞果，因此要特别注意水肥问题管理。空洞果的果实果肉不饱满，胎座组织生长不充实，种子腔是空的。黑番茄健康成长需注意 同时还要防治空洞果。这种果实口感不好，严重影响果实的重量和品质。
果实内缺钙的原因主要有三个：一方面土壤缺钙；另一方面土壤干燥或者土壤溶液浓度过高，尤其是钾、镁、铵态氮过多，就会影响黑番茄植株对钙的吸收；还有就是在高温干燥条件下，水分不足，钙在植物体内运转速度缓慢。这是因为果实缺钙引起的生理病害。防治顶腐病，可以多施有机肥，增加钙含量，控制氮肥、钾肥、镁肥的施用，保证充足的水分。黑番茄顶腐病，又叫脐腐病，发病症状是在果实顶部发生黑褐色的病斑，如果遇到阴雨天气或空气湿度大的天气就会发生腐烂。
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