这种方式虽然效果好，但在灌根时的一些注意事项也不能忽视，否则，不但收不到应有的效果，还会有副作用。近年来种植大棚蔬菜的农户越来越多，但是大棚蔬菜的种植是有很大的学问的，对于蔬菜来说容易出现的是根部病害，菜农常用杀菌剂灌根。
对于已使用菌肥的棚地，预防蔬菜根部病害尽量不要用杀菌剂灌根，以免将菌肥中的生物菌杀死，使菌肥失去应有的效果。棚菜科学用药三措施，因肥选药：已使用菌肥的棚地尽量不要用杀菌剂进行灌根防治。但如果蔬菜已经发生根部病害，则必须用杀菌剂灌根，可以不考虑菌肥中的生物菌，以免因小失大。
蔬菜需要浇水时，可在定植沟内溜小水，以水面到垄高的1/3处为宜。使用杀菌剂灌根后如果立即浇水，土壤中的药液浓度会被稀释，影响防病效果。灌后忌浇大水：灌根后几天内棚地不能浇大水。因此，在使用杀菌剂灌根后的几天内要尽量不要浇水。
药害后及时补救
其补救措施是：棚菜科学用药三措施 使用杀菌剂灌根后，一旦出现萎蔫、黄化、滞长等药害症状应及时补救，以免造成损失。
1、迅速浇水1次，以稀释土壤中药液的浓度。
2、及时用生根剂或爱多收或云大120，喷淋同时灌根，缓解药害，恢复植株的长势。
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