在施用生物有机肥时掌握正确的方法才能达到***好的施用效果。它符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求，是一种非常有应用前景的肥料品种。生物有机肥是以畜禽粪便、农作物秸秆、农副产品和食品加工产生的有机废弃物为原料，配以多功能发酵菌种剂，快速除臭、腐熟、脱水后，再添加功能性生物菌种剂加工而成的含有一定量功能性微生 物的有机肥料。
因为生物有机肥是依靠其活性菌起作用的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现，因此施入太深会影响生物菌活性。首先，生物有机肥施入土层不宜过深。生物有机肥 以施在地表下10―15厘米处为宜。
化学肥料尤其是氨态氮肥腐蚀性都较强，若与生物有机肥混用容易杀死微生物，降低使用效果。如何提高生物有机肥肥效，使之作物丰收，生物有机肥施用时不宜直接与化学肥料混施。
在施用时应注意，生鸡 粪盐分含量多，复合肥氮、磷、钾配比多种多样，选用肥料时，应视蔬菜种类、土壤条件等，先计算，再配比，后施用。给蔬菜施肥的原则是生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全（根据瓜果种类不同合理配比）。生物有机肥与其他种类的肥料包括粪肥（生鸡粪等）、磷酸二铵等的配比要合理。
即使施用了一些生物肥、微肥，由于受到温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，有益微生 也物很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活化土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥腐熟不充分、化肥未分解形成养分空缺，及时供给根系 养分，给根系一个良好的生长环境，促进根系良好的发育。另外，生物有机肥穴施效果更好，特别是棚室蔬菜生产中，连作重茬不可避免。
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