通常在给土壤施用固体微肥会发生如下三个问题：农业生产中经常使用的固体微肥主要有硫酸铜、硫酸亚铁、硫酸锰、硫酸型以及硼砂等。
一、有效性下降。
比如在pH值高、含有碳酸钙的土壤中，因为碳酸钙对锌元素的吸附，将会显著的对所施锌肥的有效性造成影响。施固体微肥带来的“三危害”，因为受到土壤条件，尤其是酸碱性的影响，通常会使微肥的有效性下降，从而对其肥效造成影响。
二、施用不均匀。
由于很多微量元素从缺少到过量之间的浓度范围非常窄，农作物的忍受高浓度的能力比较差，及其容易由于局部土壤微肥浓度过高而致使农作物中毒。由于微肥使用量比较少，不容易施用均匀，致使局部的土壤微肥浓度太高而引起毒害。
施固体微肥带来的“三危害”
三、极易污染环境。
由于很多微量元素不仅是营养元素，又是重金属，如锌、铜、锰等，一旦过量施肥，很可能对环境造成污染或是进入食物链，对人畜健康造成威胁。
只有在土壤严重缺乏微量元素的时候，才可以采用施基肥的措施，所施用肥料大部分是为工业上含微量元素的废弃物，例如矿渣、含础污泥等，土壤施用的固体微肥有比较长的后效，通常可以3到4年施用1次。相对来说，叶面喷施液体微肥利益多。
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