种肥对作物种子的影响是很大的，如选用恰当，可以保证作物种子顺利萌发及幼苗茁壮成长，但有些肥料是不宜作种肥的。种肥是指与播种同时施下或与种子拌混的肥料。
尿素中常含有少量的缩二脲成分，对种子和幼苗有毒害作用。首先是有毒害的肥料。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，能使蛋白质变性，影响种子发芽。
一定要作种肥时，必须与有机肥混合，施入播种沟穴内，再播种覆土。窑灰钾肥、钢渣磷肥等强碱性肥料也不宜作种肥。四类化肥春耕不宜当种肥，其次是强碱性的肥料。窑灰钾肥吸湿性强，吸水后会放出大量热量，易烧坏种子和幼根。
硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽也有影响。氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。第三是含有害离子的肥料。
碳酸氢铵、氨水具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，会对种子发芽和幼苗生长造成伤害，一般不宜做种肥。可将这类肥料施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混合施用。第四是具有腐蚀性的肥料。
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