但若配套技术做不到位，将会导致小麦苗黄、苗弱、病害加重及缺苗断垄等不良现象发生。玉米秸秆还田，可增加土壤有机质含量、改善土壤理化性质和团粒结构，已成为当今各地培肥地力的一条十分重要的增产稳产措施。
玉米秸秆还田后，对下季小麦的三大负面影响，防止苗黄苗弱
可在小麦正常施肥的基础上，增施尿素5~7.5公斤，以满足小麦及微生物对养分的需求，并加快秸秆分解腐烂。适宜土壤微生物活动的碳氮比为25∶1至30∶1，而玉米秸秆的碳氮比为80∶1至100∶1，如果土壤中氮素不足，就会导致微生物和小麦争氮，小麦从而因缺氮出现苗黄、苗弱现象。玉米秸秆还田后，秸秆中的养分不能直接被作物吸收利用，必须经过微生物的分解。因此秸秆还田的小麦基肥要增施氮肥。
防止病虫危害
在小麦播种期要“防重于治”做好种子药剂处理与麦田病虫害综合防控。应先拌杀虫剂，堆闷后再拌杀菌剂，晾干后即可播种，已拌杀菌剂的种子不可久置。地下害虫严重发生区，还应采用药剂土壤处理。选购包衣种子，或者进行药剂拌种。玉米秸秆还田后，对下季小麦的三大负面影响，玉米秸秆上往往带有大量病菌和虫卵，在秸秆直接粉碎过程中无法将其杀死，还田后留在土壤里，农田病虫害特别是地下害虫有逐年加重的趋势，危害小麦正常生长。
防止缺苗断垄
三要足墒还田，“宁可适当晚播，也要造足底墒”，做到足墒下种，确保一播全苗。播后墒情不足时，也可及时浇蒙头水。及时查苗补苗。冬水宜早，水量要小，以沉实土壤。浇水后还应及时中耕划锄破除板结。一要在提高秸秆还田质量的前提下，坚持秸秆还田必须深翻、旋耕麦田必须镇压。二要秸秆还田后播种小麦，播量应在正常基础上适当增加0.5~2公斤，播种时随播种随镇压，使种子与土壤紧密接触，以保证充足的基本苗。大量玉米秸秆还田，使土壤变得疏松和空隙增大，失墒较快，种子与土壤难以紧密接触，影响种子发芽出苗，田间出苗常不整齐，容易出现缺苗断垄现象。
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