在农业生产过程中，合理施用微生物农药我们需要避免出现如下五点：
出现某些农户在施用微生物活体农药的时候，忽略掉周围的环境条件，不去选在温度比较高的天气环境下施用药剂，而是选择在严寒的冬季以及早春寒冷的天气环境下进行施用，所以不会达到应有的防治效果。、禁止在气温很低的条件下进行施用。根据试验说明，若是在在25摄氏度到30摄氏度之间施用时，在喷施之后的微生物活体农药效果将会比在10摄氏度到15摄氏度之间施用的高出1-2倍。主要是因为施用生物农药时需要气温比较高才能起到应有的效果。
所以，施用的时候选择在阴雨天下进行或者是早晨等湿度比较大的时候。如果在晴天的上午10时到下午4时前等温度较高空气较干燥的天气条件下施用，将达不到有效地防治效果。第二、避免在周围环境比较干燥情况下施用。效果达不到的主要是由于环境湿度没有达到所致。
微生物活体的农药，忌怕太阳光强烈的照射。若是在温度高、太阳光为强烈的的中午进行施用，将会造成药效降低。因为太阳光中的紫外线会对作物的芽孢造成致命性的的杀伤功能，并且紫外线的辐射还将会对伴孢晶体产生变形降低效果的作用，所以选择在每天的下午4时之后或者阴雨天下施用，这样的效果会发挥的更好。第三、禁止在强太阳光下施用。
芽孢怕被大暴雨冲刷，由于暴雨会把喷施的药剂冲刷干净。因此我们需要根据天气预报来确定施用时间。若是在喷施之后的5-6小时遇到小雨，这样不仅不会使药效降低，反而还能够提升防治效果的作用，是由于降小雨会对芽孢发芽极大地帮助，一旦害将其药剂虫食后之后就会加快害虫的死亡。做到“五防止”可施用微生物农药，第四、防治在施用之后遭到大雨的冲刷。
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