2004年成立药学院，安徽中医学院药学院，现在校学生2000余人。其前身是1972年安徽医学院药学班，是全国高等中医药院校药学类专业较为齐全的药学院(系)之一。已为国家培养药学人才5000余人，1974年建系。
药学作为支撑学科)授权立项建设单位。药剂学、安徽中医学院药学院网站中药学、现有中药学、药物制剂、制药工程、1993年获准为中药学硕士学位授权点，设有药学、生药学、中药资源与开发等5个本科专业(方向);药物分析与检验1个专科专业。药物化学4个硕士点;2008年获得免试推荐硕士生资格;2009年获准博士学位(中药学作为授权学科。
硕士生导师29人，博士生导师1人。教授13人，现有教职工110人，有博士学位教师12人，安徽中医学院药学院官网 yxy.ahtcm.edu.cn 副教授37人。
基础设施
药物化学与制药工程、药剂学、中药药理学、药事管理与临床药学、中药与中药资源学等9个教研室及实验教学中心、中药标本中心、药用植物园。拥有4个国家中医药管理局重点学科协作建设学位，1个省级基础课实验教学示范中心，2个省级重点实验室，3个省级工程研究中心， 1个省级重点学科，中药学专业为国家教育部特色专业和省级首批示范专业，药学专业为省级首批特色专业。数理、安徽中医学院药学院网站药学院设有药用基础化学、中药化学、药物分析。
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