附设北京同仁眼库(国际眼库协会成员)，设有北京市眼耳鼻咽喉科疾病研究中心和北京市糖尿病防治办公室。北京同仁医院官网，医院兼有北京市眼科研究所 (世界卫生组织防盲合作中心、博士后流动站)和北京市耳鼻咽喉科研究所(博士后流动站)。
还建立了国际眼病诊疗中心、白内障防治中心、屈光矫治中心、验光配镜及隐形眼镜中心、鼻眼相关疾病诊疗中心、睡眠呼吸监测中心、临床听力学中心以及人工耳蜗植入中心等全方位医疗服务体系。医院设有荟萃首都知名专家的北京市眼科会诊中心、北京市耳鼻咽喉科会诊中心、北京同仁医院官网·首页北京市糖尿病综合会诊中心、北京泌尿外科会诊中心。
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