2013年自治州辖门源回族自治县、海晏县、祁连县、刚察县和青海湖农场，全州有11个镇、19个乡、214个村民委员会（77个牧业村民委员会）、13个社区。
州府驻地原在门源县浩门镇，1993年7月经国务院批准搬迁至海晏县西海镇（原国营221厂），海拔3100米，距西宁104公里。 海北藏族自治州位于青海省东北部，政区划1953年12月31日，成立海北藏族自治区。1955年5月20日，改自治区为自治州。
海晏县共有2个镇、4个乡、29个村民委员会、3个社区，各乡镇是西海镇、三角城镇；金滩乡、青海湖乡、哈勒景蒙古族乡、甘子河乡。
门源回族自治县共有4个镇、8个乡、109个村民委员会、7个社区，各乡镇是浩门镇、东川镇、泉口镇、青石嘴镇；仙米乡、珠固乡、北山乡、阴田乡、麻莲乡、西滩乡、苏吉滩乡、皇城蒙古族乡。
刚察县共有2个镇、3个乡、31个村民委员会、1个社区，各乡镇是沙柳河镇、哈尔盖镇、伊克乌兰乡、吉尔孟乡、泉吉乡。
祁连县共有3个镇、4个乡、45个村民委员会、2个社区，各乡镇是八宝镇、峨堡镇、默勒镇；阿柔乡、扎麻什乡、野牛沟乡、央隆乡。
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