南京市教科所在研究的过程中不断发展。开展有效研究，尊重和探询教育的本质规律；突出研究的前瞻性，突出四点核心价值：突出研究的本土价值；突出研究的有效性，围绕有价值的本土性课题，成果易推广；突出研究的科学性，回归研究本位，能够在全省乃至全国有引领作用。
为教育研究、教师发展、南京市教科所官网（www.njjks.cn）学校发展提供了一份扶持，打造出“素质教育南京范式”、“小班化教育”、“个人课题”、“区域提升学校课程品质”、“高中多样化特色化发展”、“学校文化创意设计”等一系列在全国有较高知名度和影响力的教育教学改革项目。南京市教科所取得了一系列的成绩，为南京教育发展贡献了一份绵薄之力，创所近三十年来。
贴近局中心工作，力求三个贴近，服务在前；贴近基层学校教师，通过市区校三级联动，汇聚多方力量，解决实际问题，南京市教科所官网促进学校与教师的提升，推动学生健康发展；贴近教育改革发展前沿，具有前瞻性，敢于大胆创新，具有科研品味、学术品质，具有国际视野，关注教育科研的风向与动态。发挥人才与信息优势，主动贴近教育行政中心工作。
