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水文水资源与水利工程科学国家重点实验室
港口航道泥沙工程交通部重点实验室
水利部水科学与水工程重点实验室
水利部水文水资源工程技术研究中心
水利部水工新材料工程技术研究中心
一、中央水工试验所和中央水利实验处时期（1934年—1950年5月）
1934年春：全国经济委员会成立了“中央水工试验所筹备委员会”，积极负责中央水工试验所的筹建工作。
1938年1月：全国经济委员会水利部分，划归经济部接管，中央水工试验所同年3月改由经济部领导。
1941年9月：行政院水利委员会成立，经济部原辖水利机关，包括中央水工试验所，都改变了棣属关系。
1942年1月：由于业务范围扩充，中央水工试验所改名为“中央水利实验处”。
1947年5月1日：国民政府水利部成立，中实处改由水利部领导。
1949年4月23日：南京解放，5月中旬，中实处由南京市军事管制委员会水利部接管，并积极筹备恢复工作。
二、南京水利实验处时期（1950年5月—1956年12月）
1950年5月，“中央水利实验处”改名为“中央人民政府水利部南京水利实验处”。.
1953年3月，华东军政委员会水利部撤销，南京水利实验处由中央水利部直接领导
（一）华东军政委员会水利部代管时段（1950年5月—1953年3月） 1951年3月，研究室撤销，人员分别划归水工室及文献室。同年，成立了中共南京水利实验处支部，属中共南京市一级机关党委领导。 1952年，水文研究所撤并到中央水利部水文局，另筹设材料试验组。
（二）中央水利部直接领导时段（1953年3月---1956年12月）
1953年5月11日，经中共南京市政府分党委批准，组成南京水利实验处支部。12月，由上级批准成立党组。同年，下属水工仪器厂从南京水利实验处分出，由中央水利部直接领导，改名为南京水工仪器厂。
1954年经中共南京市政府分党委同意，恢复党支部的领导职能。在秘书室下增设技术档案室。
1956年，按照中央水利部的指示，南京水利实验处派出95人，筹建北京水利科学研究所。
三、南京水利科学研究所时期（1956年12月—1984年1月）
1956年12月，南京水利实验处更名为“南京水利科学研究所”
（一） 更名南京水利科学研究所后至文革前夕时段（1956年12月—1966年）
1956年12月，原水工、土工两试验室改为研究室，又将原水工试验室的潮浪和泥沙两个组人员抽出，成立了河港研究室。
1957年2月，根据国务院科学规划委员会关于全国水利科学研究机构的合并问题指示精神，南京水利科学研究所由水利部和交通部共同领导。原属交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室并入该所。
1958年，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南科所改由水利电力部和交通部共同领导。1958年2月，国务院农七齐字23号文，同意成立“钱塘江河口研究委员会”，明确研究工作交由南京水利科学研究所负责。1958年，交通部组织“天津新港回淤研究领导小组”，负责该港回淤研究的技术领导工作。
（二）文革开始至所改院时段（1966年—1984年1月）
1966－1967年，原有组织机构特别是行政管理部门被打乱。
1968年，经江苏省革命委员会批准，成立了南京水利科学研究所革命委员会
1973年8月，经江苏省革委会批准，建立中共南京水利科学研究所委员会。
1979年2月，水利电力部分为水利部和电力工业部，南科所由水利部和交通部共同领导。同年6月，水利部明确南京水利科学研究所为地师级单位。
1980年恢复了所室两级学术委员会活动。成立了所的学位评定委员会和技术职称评定委员会。
1982年2月，水利部与电力工业部合并为水利电力部，南京水利科学研究所恢复水利电力部和交通部共同领导
四、南京水利科学研究院时期（1984年1月—2006年12月）
1984年1 月，经水利电力部批准，并征得国家科委同意，改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院”。1994年9月，更名为“水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院”
1984年1月，所改院后机构体制有了较大变动，干部也作了全面调整，实行党委领导下的院长负责制。1984年8月，水利电力部和交通部批准我院为科研体制改革试点单位，实行院长负责制。
1985年3月，原属科研处的计算应用中心，改名为计算中心，直属院长领导。
1987年12月，水利部电力部明确我院为水利电力部大坝安全监测中心，承担水利大坝安全监测工作。1987年10月，中国水利学会同意我院成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”。
1989年8月，经水利部基本建设工程质量监督总站批准，确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心。
1991年10月，接水利部办公厅通知，持单位介绍信至办公厅秘书处领取水利部、交通部、能源部南京水利科学研究院印章。
1994年9月，更名为水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院
1995年，经水利部批准，与河海大学、水利部南京水文水资源研究所合作成立水利部遥感技术应用中心南京分中心
2001年6月，水利部南京水文水资源研究所成建制并入南京水利科学研究院。对外可继续使用水利部南京水文水资源研究所。
2001年10月，科技部、财政部、中央编办批复水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案，南京水利科学研究院转为非营利性科研机构，拟定编制393人。
2002年1月，水利部决定将水利部农村电气化研究所划归南京水利科学研究院管理。
2002年10月，水利部批复南京水利科学研究院体制改革总体方案。
2003年4月，水利部人教司复函，同意在科技部、财政部、中编办对我院非营利性科研机构改革验收前继续延用原名称“水利部交通部电力工业部南京水利科学研究院”。
2004年6月，水利部认定依托南京水利科学研究院建设的水利部水科学与水工程科学重点实验室。
2005年3月，国家科技部批准南京水利科学研究院与河海大学联合建设“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”。
2006年4月，水利部批准以南京水利科学研究院为依托单位，组建水利部水文水资源工程技术研究中心和水利部水工新材料工程技术研究中心。
水文水资源
水工水力学
河流海岸
岩土工程
材料结构
大坝安全管理
农村电气化
南京水利科学研究院是中国水利和水运科学技术的综合研究机构。创建于1935年，原名中央水工试验所。曾改称中央水利实验处、南京水利实验处及南京水利研究所，1984年改为现名。院址在江苏省南京市。下设水工、土工、河港、材料结构4个研究所，以及水利水电勘测设计院、技术情报研究室和计算中心等机构。设有紊流力学、河流动力学、泥沙运动、土动力学、水工水力学、通航水力学、地下水渗流、环境水力学、河道整治、潮汐河口治理、海岸演变、地基加固、土石坝筑坝技术、钢筋混凝土结构、钢结构防腐、近海工程、聚合物材料等专业，每年承担的基础研究和开发应用科研项目约350项，提出成果报告200多篇，并兼管水利部水利大坝安全监测中心，承担全国水利大坝安全监测工作。该院为有关学科博士、硕士学位授予单位之一。从1978年以来，获得*、部级、省级科学技术进步奖的科研成果达120余项。1987年底，该院有科技人员786人，其中有高级职称的138人；编辑出版的刊物有《岩土工程学报》、《海洋工程》、《水利水运科学研究》和英文版季刊 《CHINA OCEAN ENGINEERING》。
《水利水运工程学报》
《水利水运工程学报》(原名：水利水运科学研究)系水利部主管，南京水利科学研究院主办的学术性刊物。主要报导：水利水电、水运、海洋工程和土木建筑工程的规划、可靠性研究、科研、设计、施工、监理以及管理工作中的新理论、新技术、新方法和新成果等。
《海洋工程》
《海洋工程》创刊于1983年，是由中国科学技术协会主管，中国海洋学会主办，南京水利科学研究院和上海交通大学承办的学术性季刊（刊号ISSN1005-9865），面向国内外发行。《海洋工程》以促进学科理论发展、加速科研成果向生产力转化为宗旨，主要刊载近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等领域具有理论水平及实践经验的学术论文、研究简报、综合评论、调查报告、成果介绍及学术动态报道。《海洋工程》已被联合国《水科学和渔业文摘》（asfa）收录，并作为核心期刊收录于"中国海洋文献数据库"及正式出版的检索刊物《海洋文摘》中。同时《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国科学引文数据库》来源期刊，并被作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊全文收录，2000年荣获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖。
《岩土工程学报》
《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，由中国水利学会、中国土木工程学会、中国力学学会、中国建筑学会、中国水力发电工程学会、中国振动工程学会六个全国性学会联合主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创办于1979年，在江苏南京登记，由南京水利科学研究院承办，国内外公开发行。
《水科学进展》
《水科学进展》是由南京水利科学研究院、中国水利学会主办，以水为论述主题的学术期刊，主要反映暴雨、洪水、干旱、水资源、水环境等领域科学技术的*成果、重要进展、当代水平和发展趋势，报道关于水圈研究的新事实、新概念、新理论和新方法，交流新的科研成果、技术经验和科技动态，是全方位和深度了解中国水科学进展的重要窗口。本刊为全国中文核心期刊，被美国《Ei》和《CA》收录，2003、2004、2005年连续获“百种中国杰出学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，并入选江苏省期刊方阵。
《小水电》
《小水电》杂志是水利部农村水电及电气化发展局、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国*小水电专业技术性期刊。
《ChinaOceanEngineering》
China Ocean Engineering是中国科学技术协会主管，中国海洋工程学会主办，由南京水利科学研究院编辑的英文版综合性学术季刊（刊号ISSN0890-5487）China Ocean Engineering办刊宗旨是向国外介绍我国与海洋工程有关的研究、设计、试验、生产、使用、管理等方面的成果以及学术动态，扩大对外宣传和交流，展示我国的研究水平。主要刊载离岸工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋环境保护工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等方面的稿件。稿件内容包括工程建筑物(海洋平台、防波堤、码头、堤防、锚泊系统等)，物理和数学模型试验技术，结构材料，结构应力分析，海洋工程土力学，海岸泥沙及波浪动力学等。
中国暴雨统计参数图集 国家科技进步奖 二等 2006
长江口深水航道治理工程成套技术 中国航海科技奖 特等 2006
特大跨径桥梁钢塔和深水基础设计施工创新技术研究 中国公路科技奖 特等 2006
高液限土路基稳定技术研究 中国公路科技奖 一等 2006
长江三峡二期工程船闸关键技术研究与实践 国家科技进步二等奖 二等 2005
高混凝土面板沙砾石坝关键技术研究 国家科技进步奖 二等 2003
防汛抗旱水文气象综合业务系统 国家科技进步奖 二等 2002
全国水中长期供求计划研究 国家科技进步奖 二等 2000
沪宁高速公路江苏段工程技术和建设管理 国家科技进步奖 一等 1999
三峡船闸输水阀门水力学大比尺模型试验研究 国家科技进步奖 二等 1999
广西岩滩水电站工程250T级垂直升船机整体模型试验研究 国家科技进步奖 三等 1999
高土石坝动力分析及抗震工程措施 国家科技进步奖 三等 1999
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