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1938年3月17日，侵华日军占领南通，苑藏文物、标本大部遭劫掠、破坏或散失。1945年9月至1949年1月国民党统治时期，博物苑继续遭到破坏。中华人民共和国成立后，人民政府着手修复博物苑。1951年改名南通博物馆，原有建筑和园林布局基本保持原貌，1981年南通市人民政府决定将附近的张謇故居濠南别业划归博物苑范围，1982年被定为江苏省文物保护单位，1984年7月1日恢复南通博物苑原名。1988年被定为全国重点文物保护单位。 至1989年底，馆藏品有40115件，其中自然标本6126件，一级文物55件。藏品具有地方特色，如海安青墩新石器时代遗址出土的石器、陶器、玉器和骨角器，以及汉代的煎盐工具盘铁、1973年南通市出土的晚唐(公元827～907年)青瓷皮囊式壶(越州窑仿北方游牧民族革囊水壶形制烧造)。“陈若虚记”瓷乳，是明万历间(1573～1620年) 南通名医陈实功(号若虚) 特制研药用具。书画、刺绣等艺术品中，有扬州八家的李方膺(南通人)的画和近代刺绣家沈寿的绣品。革命文物中有抗日战争时期反清乡斗争的文献、手稿、武器和烈士遗物。博物苑陈列面积450平方米，分历史文物、革命文物、自然标本3个基本陈列。
历史文物陈列的展品，上自原始社会，下至清末，其中有博物苑早期的藏品，如战国的于、汉代的铜鼓、宋代龙泉窑青瓷炉、元代磁州窑白地黑花瓷枕、明代墓葬中出土的棉布；近代文物中，有张謇的手迹、文献及其创办大生纱厂、盐垦以及文化教育事业方面的实物和历史图片；历史文物陈列的较后部分是辛亥革命烈士、曾任北方革命军参谋长的白雅雨(南通人，李大钊的老师)的事迹；革命文物反映了从1919年五四运动到一二·九运动、抗日战争、解放战争各个历史时期，南通人民的革命斗争历程。文物中有1922年入党的中国共产党党员吴亚鲁创办的《平民声》报，有土地革命时期的共产党党旗，反清乡斗争的历史文献、证件和武器等。自然标本陈列品中，有须鲸亚化石和现代鲸骨骼以及启东陨石、本地珍稀鸟类和昆虫标本。
历年来，博物苑举办了多种临时展览，如“革命烈士事迹” 陈列、“反清乡斗争文物”、“民俗品物”、“爱鸟护鸟”等。
1905年，张謇将建设中的通州师范学校公共植物园规建为“博物苑”，创建了中国*公共博物馆，隶属通州师范学校管理。张謇自为苑总理，孙钺为苑主任。
1912年，通州改建置为南通县，博物苑脱离通师而独立，称“南通县博物苑”。
1927年，博物苑附属于南通学院。1935年7月博物苑回归通师代管。
1938年，3月17日，日本侵略军侵占南通，南通博物苑遭到破坏和掠夺，苑址被日军占用为马厩，文物除一部分在南通沦陷前夕转移外，大部分散失。
1949年，2月2日，南通解放，南通市人民政府着手恢复南通博物苑，于1950年成立南通博物苑修建委员会，并开始修建工作。
1951年，修建后的博物苑改称为“南通博物馆”，由钱啸秋副市长兼任南通博物馆馆长。同时将原博物苑园林部分另划为人民公园。
1952年，8月，改称“苏北南通博物馆”，直属苏北人民行政公署文教处。
1953年，苏南苏北合并，改称“江苏省南通博物馆”，直属江苏省人民政府文化事业管理局。同年7月，江苏省文化事业管理局决定将南通博物馆委托南通市人民政府文教科代管。
1954年，4月，江苏省人民政府决定撤销江苏省南通博物馆，馆藏文物、家具大部分移交江苏省博物馆筹备处。
1956年，5月21日，文化部副部长郑振铎在全国博物馆工作会议中提出：“中国博物馆事业的历史并不太久，最早的公共博物馆，除了帝国主义者们在沿海地区所办的几个之外，要算是张謇他们办的南通博物苑了。”6月9日，江苏省人民政府决定恢复南通博物馆。
1957年，4月，江苏省人民委员会决定重建南通博物馆，作为南通市文化事业机构之一，由南通市领导。8月，南通博物馆筹备处成立。9月，开始维修馆舍。
1958年，10月1日，南通博物馆正式恢复，由尤勉斋任馆长。
1968年，9月，南通博物馆与南通市图书馆、文化馆、市劳动人民文化宫、唐闸工人俱乐部合并为南通市劳动人民文化馆，成立革命委员会。
1972年，12月，南通市革命委员会决定将图书馆、博物馆从劳动人民文化馆划出，成立南通市图书、博物馆革命委员会。
1973年，4月，建立中共南通市图书、博物馆支部。
1976年，10月，南通市革命委员会决定撤销图书、博物馆革命委员会，分别成立南通博物馆革命委员会和南通市图书馆革命委员会。
1977年，1月，启用“南通博物馆革命委员会”印章。
1978年，12月，市委组织部任命：穆烜同志任南通博物馆党支部书记，徐冬昌同志任南通博物馆馆长。
1979年，1月，恢复“南通博物馆”名称，同时启用新印章。
1984年，4月，江苏省文化厅同意恢复南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢复“南通博物苑”名称。
1999年，12月28日，南通市人民政府决定：人民公园成建制并入博物苑，结束了原博物苑长期分为两个单位的状况，恢复到创苑初的包括园林部分的南通博物苑。
2000年，11月，国家文物局批复《南通博物苑保护利用规划》。
2001年，2月，南通市文化局副局长周德芝兼任南通博物苑苑长。
2002年，8月14日，南通博物苑委托吴良镛院士为苑设计新展馆。
2003年，3月，南通博物苑总体规划和新馆建设论证会在北京举行。5月，南通市市文化局副局长王栋云兼任南通博物苑苑长。7月，国家文物局批复《南通博物苑规划设计+单体方案》。
2004年，3月15日，中华人民共和国文化部和国家文物局同意共同举办：南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年庆典活动。
2005年，9月24日至26日，南通博物苑百年暨中国博物馆事业发展百年纪念大会庆典在江苏南通隆重召开，该活动由中华人民共和国文化部、江苏省人民政府、国家文物局主办，江苏省文化厅、南通市人民政府、江苏省文物局、中国博物馆协会、中国自然科学博物馆协会协办。中共中央政治局常委李长春、全国政协副主席刘延东发来贺电，向大会表示祝贺。中国政协副主席张克辉为“南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年纪念牌”揭牌。大会当天，隆重举行了中国博物馆事业发展百年展暨南通博物苑新馆的开馆仪式。庆典期间，在南通博物苑新馆的学术报告厅内举行了主题为“博物馆与城市发展”的中外博物馆馆长高层论坛。中国博物馆学会于9月25日在南通市行政中心举行了年会暨学术研讨会。
2015年，被中国电光源之父蔡祖泉称为电光源二次革命的电子稳压节能灯发明者，著名民间发明家，现代国宝“中华龙壶”、和平信物“九二共识壶”创始人，促进中国和平统一大业发展和文化艺术大使季汉生为祝贺南通博物苑创办110周年，专门创作了一款体现中国近代*城之称（南通名城）人文历史意义的“狼山支云壶”赠予了本苑珍藏。
张謇去世后，博物苑改隶属于南通大学（后称南通学院）。这个改变虽可避免直接听从个人将带来的隐患，但此时的南通事业正处低潮，博物苑的嗷嗷待哺却让校董们爱莫能助。于是，窃案在苑内发生，苑主任引咎辞职。此后，博物苑又改属通州师范学校管理。在财力、人力拮据的困难面前，苑人们依然辛苦维持。
1938年日本侵略军占领南通，博物苑惨遭毁坏。张謇信赖的那列有战争期间保护博物馆条项的《万国公法》 ，在凶残的侵略者面前只是一纸空文。抗日战争胜利后，在国民党统治的三年内，博物苑再也没有被官方提起，破败不堪的博物苑继续走向荒废、毁亡……
自然部分有动、植物活体、标本、化石和矿物。动物类有国外的标本，如南洋群岛的时乐鸟，印度的鳄鱼，俄罗斯的斑鼠，美洲的袋鼠、蜂鸟，朝鲜的笔贝，新加坡的石蚕等标本；植物类中有羊齿植物化石、各种果木和药用植物；矿物类有1910年清末官商合办的博览会南洋劝业会结束后捐赠的各省矿石标本。
历史部分有金、玉石、陶瓷、拓本、 土木、车器、 画像、卜筮、军器、刑具、狱具等展品；美术部分有书画、雕刻、漆塑、织绣、缂丝、编物、文具等类，其中露香园的《昼锦堂记》字绣长屏12幅、沈寿绣《耶稣》像为美术精品；教育部分有科举、私塾、学校3类，有科举时代的考卷、夹带、窗课，有学校教学用的教具、模型。
南通博物苑是中国地方综合性博物馆。民族实业家张謇于清光绪三十年十二月九日(公元1905年1月14日)创建。是目前保存下来的中国人最早创办的博物馆，位于江苏省南通市。光绪三十一年十二月九日(公元1906年1月3日)，张謇又将兴建中的公共植物园规划为博物苑，占地23300平方米，后扩大为71800平方米，建立了中馆、南馆、北楼和东楼。苑内有4个陈列馆，陈列自然、历史、美术、教育四部分文物与标本。中馆为三开间中式平房，上部加盖一间二层尖顶小楼。南馆平面凸字形，为一座西式二层楼房。北楼为五开间二层中式楼房。东楼为一座中式楼房。苑内种植树木花草，饲养鸟兽，并有亭榭、假山、荷池等园林建筑。1912年改称南通博物苑。 苑内文物、标本来源于各地人士和寺院捐赠、售予。1914年编印的《南通博物苑品目》，共收录文物、标本2973号，1933年增至3605号，每号一件至数件不等。
1905年底，张謇在南通营建博物苑，开始了中国博物馆事业的实践。同年，他还上书清政府，建议为顺应世界发展潮流、适应中国社会需要，在京城创办博物馆，进而推广到中国各地。张謇的热忱建言，没有被没落的清政府采纳，而他克服艰辛、苦心经营的博物苑却获得成功；他对博物馆的精到论述，也成为中国博物馆学的理论基石。本属江头海角的小城南通，因此而成为中国博物馆事业的发祥地。
1938年3月后，南通博物苑沦为日本侵略军的马厩，惨遭破坏，博物苑的藏品除少量转移它处外，大部分被劫被毁。新中国成立后，博物苑才获得新生。历经百年沧桑，如今的博物苑有了新的发展，总占地面积扩展为7万多平方米。经过全面规划和建设，作为历史文化保护区的北部，原有的南馆、中馆和北馆等老建筑受到完好地保护，一些毁失的早期场景，还将逐步得到复原；西南部开辟为新展区，新建的现代化新展馆，除布置有基本陈列外，还经常不定期地举办临时性展览；规划的东部将建成文博景廊、南部将建成生态展示区。整个苑内新老建筑组合和谐，浓郁的文化氛围和优美的园林环境，既彰显历史的典雅，亦洋溢着新时代的光彩。
南通博物苑的藏品以历史文物与自然标本并重，总数近5万件。历史文物以见证地方历史的文物为主，时间跨度自新石器时期直至当代；自然标本既有反映南通地区动物、植物等自然资源的藏品，同时也广集国内外珍贵的岩矿石、化石及珍稀动植物标本。
南通博物苑继承张謇“设为庠序学校以教，多识鸟兽草木之名”的办馆理念，尤其注重科普教育和科学研究活动，积极进行文化传播，除利用自身阵地，还将展览办向社区或学校。形式多样的教育工作，受到社会的普遍欢迎。近年来南通博物苑先后被定为江苏省“学校德育基地”、“爱国主义教育基地”、“科普教育示范基地”、“科普教育基地”、“国防教育基地”等，成为人们了解南通、亲近科学、接受文化熏陶以及旅游休闲的理想场所。创办人张謇咏叹的“濠南苑囿郁璘彬，风物骈骈与岁新”，正得到真实的体现。
1905年冬，张謇开始营建博物苑，并调师范学校在读生孙钺负责具体事宜。此时的博物馆，在中国是一个全新的概念，无成样可循，无经验可借，而张謇的直观印象，也只有两年前考察日本的见闻。尽管如此，凭着对博物馆社会属性的深刻理解，他在实践中创造性地进行了诠释：人文与自然并重，展馆与园囿结合，室内陈列与室外展示相映，中国传统与西方理念交融……新诞生的博物苑触处透露着缔造者的睿智，也使中国博物馆事业的肇始，就表现出前瞻意识和鲜明的民族特征。
当然，这一切的得来却异常艰辛。没有政府的支助，没有藏品的准备，靠的是创办者强烈的责任感和坚定的信念，白纸竟于是变成为瑰丽绚目的画图。
南馆
南馆，建于1906年。初名“动矿物陈列室楼”，后称“博物馆”，是博物苑主要的陈列室，当年陈列天产、历史、美术、教育四部。楼上陈列历史文物，楼下陈列动、植、矿物标本。在二楼半圆型的月台上，悬挂着张謇手书的一副著名的对联：“设为庠序学校以教，多识鸟兽草木之名。”道出了张謇创办博物苑的宗旨，就是辅助学校教育、普及科学文化知识。南馆朝北大门两旁各有一座亭子，陈列古玄妙观的三清塑像。
中馆
中馆建于1906年。始称测候所，用以测报天气，是中国最早的气象观测机构所在地。1914年，测候所迁至农校，中馆改建后，作为金石碑帖陈列室。张謇先生亲笔题写了中馆匾额。
北馆
北馆建于1911年。北馆当初本是作为金石书画陈列，张謇为北馆作铭辞为：“将究四类，其广海会。金概所藏，州厅县界。力所弗堪，举例犹派。事固无小，道奚病隘。”北馆建设中，为了陈列当时从吕四海滨出土的长达十多米的鲸骨架，张謇将其改建，楼下陈列除鲸骨架外，还陈列了苑中所藏许多其它动物的骨骼标本和化石，楼上用特制的格屏，陈列通、如、泰、海名家书画，东西两间可以展阅一幅清代南通画家钱恕所作长达10米以上的山水长卷。
| 张謇 | |
张謇（1853——1926）：中国近代爱国实业家、教育家。字季直，号啬庵，江苏南通人。清光绪状元。早年入淮军将领吴长庆幕。1895年（光绪二十一年）在南通创办大生纱厂。后又举办通海垦牧公司、大达轮船公司、复新面粉公司、资生铁冶公司、淮海实业银行等，并投资苏省铁路公司、大生轮船公司、镇江大照电灯厂等。又创办通州师范学校、南通博物苑、女红传习所等。把实业、教育称为“富强之大本”。参与发起立宪运动，1906年成立预备立宪公会，任副会长。1909年(宣统元年)被推为江苏咨议局议长。辛亥革命后任南京临时政府实业总长。1913年任北洋政府农商总长，袁即将称帝时，辞职南归，在南通继续办理地方事业，南通一时被誉为“理想的文化城市”。1926年病逝。有《张季子九录》、《啬翁自订年谱》等，今有《张謇全集》。
新中国刚建立，在百废待兴、经济乍苏的情况下，南通市人民政府就建立机构，开始修复残破不堪的博物苑。1952年8月，修建工程结束，获得新生的博物苑，从此与中国博物馆事业同步走过曲折，走向新的纪元。在几代博物馆人的努力下，博物苑业务有了多方面的拓展，在建设社会主义精神文明和物质文明、传播科学文化知识和丰富人民生活等方面，发挥了重要的作用。1985年，博物苑被评为全国文物博物馆系统先进集体，受到文化部表彰；1988年被国务院公布为中国重点文物保护单位。博物苑的历史地位备受关注。建国初复建博物苑时，为适应当时需要，原来的园林部分另辟为人民公园，因两单位职能不同，工作互受制约，为此全面恢复博物苑成为人们共同的愿望。
1999年底人民公园的并入，为博物苑带来一个全新的充满希望的时期。博物苑可以完整地设计、规划自身的保护、利用和发展宏图。南通市政府对苑外濠南路的全面改造，更使博物苑拂去陈年积垢，重新展露在世人面前，从而赢得社会的普遍关注。为了回报社会的关爱，为了迎接百年庆典，在各级领导的高度关怀下，博物苑人努力工作，成果迭出，而由两院院士吴良镛担任设计的博物苑新展馆，则成为献给百年博物苑的最精美的礼物。结束语在中国博物馆大家族中，南通博物苑无论规模抑或藏品，都不足与那些大馆、名馆相比肩。
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