下设数字海洋研究所、海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋药物与健康食品研究所、海洋生态系统与环境实验室、学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，海洋文化研究中心等研究机构。海洋政策与法律研究所，建有外国语言研究所、海洋药物系统及神经科学研究所、中国鱼文化研究所、鲸馆、水生生物科技馆、校史馆、三史馆、大学生校园文化展示馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室。上海海洋大学网站拥有现代化的校园网络，建有服务我国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约132万余册，电子图书约88万余册，数据库40余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获 “百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海海洋大学官网 www.shfu.edu.cn 上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。中美海洋遥感及渔业信息研究中心。
学校原为农业部部属高校，1985年更名为上海水产大学，以上海市管理为主。上海海洋大学前身是建于1912年的江苏省立水产学校，2008年经教育部批准更名为上海海洋大学。由中央和地方共建，学校校训：勤朴忠实。2000年起由农业部划转地方，上海市人民政府与国家农业部联合发文共建上海海洋大学。1952年成为国内第一所本科水产高校——上海水产学院，2010年上海市人民政府与国家海洋局签署协议共建上海海洋大学;2011年。
其中教学科研人员近900名，全日制普通本专科生12300余人、学校目前共有12个学院(部)，上海海洋大学网站具有高级专业技术职务500余名，博士生、硕士生导师600余名。学校拥有双聘院士2名、第一批“长江学者奖励计划”特聘教授1名、国家“千人计划”3名、国家“青年千人计划”1名、国家杰出青年科学基金获得者1名、百千万工程国家级人才4名、国务院学科评议组成员(第七届)2名、国务院政府特贴人员11名、科技部中青年科技创新领军人才1名、教育部新世纪人才2名、省级有突出贡献专家2名、上海“千人计划”5名、上海市领军人才5名、上海市优秀学科带头人6名、上海市优秀技术带头人1名、省市级教学名师3名、“百千万人才工程”(省级)2名、一级学会会长3名等，拥有上海市东方学者18名、青年东方学者2名、上海曙光学者15名、上海浦江计划19名、上海科技启明星10名、阳光学者6名、晨光计划7名等为骨干的师资队伍。研究生3050余人;教职工1200余名。
2010年起连续多年被评为全国高校“百佳网站”以及“最佳思政创新奖”、学校易班先后获得全国高校校园文化建设优秀成果特等奖、作为上海高校首批易班试点单位，“最佳文明网络社区奖”等单项奖，并多次荣获“上海市教育系统优秀网站”、教育部中国大学生在线优秀校园网络通讯站、上海市十佳易班学生工作站等称号。学校校园文化丰富多彩，聘请著名表演艺术家秦怡、指挥家曹丁、作曲家陈钢等一批艺术家为学校艺术兼职教授;拥有大学生艺术团等各类文体、科技学生社团90余个;定期举办大学生科技文化艺术节，连续多年被中宣部、教育部、团中央、全国学联评为“大学生暑期社会实践先进单位”。上海市教育改革实验奖一等奖。
澳大利亚、日本、学校与美国、韩国等国家和台湾、香港地区的大学和国际组织有着密切的交流与合作，与23个国家的79个学校或科研机构签署合作协议。与境外多所大学互派留学生，目前学校各类留学生人数共计126人，分别来自20个国家。学校长期参与中美海洋生物资源合作计划，与联合国粮农组织、亚洲水产学会、国际水生生物资源管理中心等建立了长期友好合作关系。俄罗斯。
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