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海南省地方税务局直管海口、三亚、琼山、琼海、儋州、万宁、文昌、定安、屯昌、澄迈、临高、东方、昌江、白沙、通什、保亭、陵水、乐东、琼中、洋浦等19个直属地税局。海口、三亚、洋浦地税局为正处级机构。
1998年8月以前，海南省地方税务局为海南省财政税务厅内设副厅级单位，负责全省地方税收征管业务指导和海口地区省、市两级税收征管工作（海口市不另设地方税务局）。
1998年8月财税分设，海南省地方税务局升格为省政府直属机构（正厅级）。海口市设立地方税务局（正处级）；其他各市县财政税务局分设为财政局、地方税务局，均为同级政府工作机构。全省地方税务机构实行省局垂直管理体制。内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会合署办公）、监察处、法规税政处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（局）、信息处等9个处级职能机构和稽查局（处级直属机构）。垂直管理海口20个直属地税局。
2000年5月，省政府根据中央、国务院机构改革方案，对省地方税务局内设机构进行了调整。2000年11月，省政府决定将社会保险费改由地方税务机关征收，并批准设置海南省地方税务局社会保险费征稽局。海南省地方税务局内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会合署办公）、纪检监察室、法规税政处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（农业税征收管理局）、社会保险费征稽局等9个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。2003年琼山市并入海口市后，垂直管理海口等19个直属地税局。
2002年7月，海南省人民政府批准海南省地方税务系统机构改革方案，再次明确了全省地方税务系统机构设置、职能配备和人员编制。全省地方税务系统实行省以下垂直管理；各市县农税局和社会保险费的征稽机构，实行省地方税务局与市县政府双重管理，除海口、洋浦经济开发区以省地方税务局管理为主外，其他市县以市县政府管理为主的管理体制。
2006年4月，共青团海南省地方税务局委员会成立。
2007年11月，为理顺机构设置，建立健全管理机制，海南省地方税务局内设机构进行了新调整，将局法规税政
处分设为政策法规处和地方税管理处。至此，海南省地方税务局内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会、团委合署办公）、纪检监察室、政策法规处、地方税管理处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（农业税征收管理局）、社会保险费征稽局等10个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。
2008年，海南省地方税务局内设机构进行了增设，新设立了营业税管理处、规费管理处、行政审批办公室，至此，海南省地方税务局内设13个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单）。
2009年，海南省地方税务局主要职责、内设机构、人员编制进行了调整，根据职责内设机构调整为办公室、组织人事处（原人事教育处，机关党委、工会、团委、老干部工作处合署办公）、政策法规处、督察内审处（新增机构）、征收管理处、纳税服务处（大企业税收管理处）（新增机构）、营业税处、地方税处、所得税处、耕契税处（原农业税管理处）、社会保险征稽局、规费处、行政审批办公室等14个处级职能机构，下设省局稽查局（处级直属机构）、省局*、二、三、四、五稽查局（副处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。 2009年，全省地税稽查体制进行了改革，将全省原有的20个稽查局整合为6个，建立省级分片稽查体制，即：海南省地方税务局稽查局、*稽查局、第二稽查局、第三稽查局、第四稽查局、第五稽查局，海南省地方税务局稽查局为直属正处级机构，负责全省地方税务稽查工作。
全省地税系统人员编制3556人，其中公务员编制3226人、事业人员编制245人、工勤人员编制85人。机关内设处室
省地税局机关内设办公室、组织人事处（原人事教育处，机关党委、工会、团委、老干部工作处合署办公）、政策法规处、督察内审处（新增机构）、征收管理处、纳税服务处（大企业税收管理处）（新增机构）、营业税处、地方税处、所得税处、耕契税处（原农业税管理处）、社会保险征稽局、规费处、行政审批办公室等14个处级职能机构，下设省局稽查局（处级直属机构）、省局*、二、三、四、五稽查局（副处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。
（一）职责调整
1、取消已由国务院、国家税务总局公布取消的行政审批事项。
2、将省局机关纪检监察职责划给省纪委。
3、加强推进纳税服务体系建设，着力改进纳税服务的职责，构建和谐的税收征纳关系。
4、加强以大型企业为重点的税源监控，不断提高个性化、专业化服务水平。
5、强化内部审计职责，加强对税收执法权、行政管理权的监督制约，推进依法行政，加强廉政建设。
1、贯彻执行国家税收法律法规、部门规章及规范性文件，结合本省实际情况，制定具体的实施办法。
2、贯彻执行税收征收管理法律法规、部门规章及规范性文件，研究制定具体的实施办法，组织实施本系统税收征收管理改革。
3、根据本地区经济发展规划，制定本系统税收发展规划和年度计划并组织实施。
4、负责国家和省人民政府规定的地方各税、费、基金的征收管理、税源管理、纳税评估、反避税工作，力争税款应收尽收；负责普通发票和其他税收票证管理工作。
5、监督检查本系统的税收执法活动和内部行政管理活动；负责税务行政处罚听证、行政复议和行政应讼工作。
6、负责规划和组织实施纳税服务体系建设；制定和监督执行纳税服务管理制度；贯彻执行纳税人权益保障制度，制定具体的实施办法。
7、组织实施对纳税人进行分类管理和专业化服务，组织实施对大型企业的纳税服务和税源管理。
8、编制、分配本系统税收计划并组织实施；负责本系统的税收会计、统计核算工作。
9、负责规划和组织实施本系统税收管理信息化建设；制定本系统税收管理信息化制度。
10、组织开展本系统教育培训、思想政治工作、精神文明建设及廉政建设、反腐败工作、行风建设、内部审计等工作。
11、垂直管理本系统的机构、编制、人员等工作。
12、承办国家税务总局和海南省人民政府交办的其他事项。
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