复杂系统管理与控制国家重点实验室、中国科学院自动化研究所官网，脑网络组研究中心等科研部门。国家专用集成电路设计工程技术研究中心、包括模式识别国家重点实验室、中国科学院分子影像重点实验室、自动化所现设科研开发部门14个，还有若干与国际和社会其他创新单元共建的各类联合实验室和工程中心。
现设有控制科学与工程等1个一级学科博士研究生培养点，并设有控制科学与工程等1个一级学科博士后流动站，在站博士后65人。硕士学位授予权单位之一，博士生573人)。中国科学院自动化研究所官网·首页计算机应用技术等1个二级学科博士研究生培养点，共有在学研究生1157人(其中硕士生584人、自动化研究所是1981年国务院学位委员会批准的博士、
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