对于非上海市户籍的、但在本市居住、学习的少儿学生来说，虽暂时不能参加上海少儿医保，但已经以参加少儿住院互助基金。比起商业保险公司提供的大病和住院保险，少儿互助基金的“性价比”显然更高些。参加者按学年收费，0～5岁60元/年，6～18岁50元/年。中小学生、幼儿园儿童由学校、幼儿园统一办理，0～5周岁婴幼儿、新生儿满月后到所属街道（乡镇）社区卫生服务中心办理。
而商业的少儿大病保险，除非孩子的家长希望通过商业大病保险的“确诊后即给付”来获得比较充裕的治疗费用，否则，对于已经参加上述两项保障的孩子来说也几乎没有什么补充作用了。
换个角度来看，即便是目前商业保险公司的住院费用报销类产品，也只能报销基本医保内的费用，无法弥补家长在医保范围外支付的各项开支损失。
虽然以上两项保障只衔接社会基本医保范围内的诊疗项目、服务设施、用药范围和支付标准，自费药品等费用支出还需家长自行承担，还谈不上是给病童家长百分之百的报销，但对于长来说，同时参加这两项保障计划，已经能够最大限度地转嫁孩子的大宗医疗支出。
保险，少儿医保和住院互助基金的区别和使用以下两项保障互相并不冲突，而且可以互为利补充。上海医保局也给出过明确的说法:“凡参加少儿住院互助基金的对象，发生的住院和门诊大病医疗费，可先由少儿学生基本医保基金报销一半，其余的医疗费用由少儿住院互助基金给予支付。”
同时，孩子也可以继续参加“上海少儿住院互助基金”。一旦因伤病住院，除了承担一个低额的起付标准（一级医院为50元，二级医院为100元，三级医院为300元）后，凭少儿住院基金医疗证就可以免交50％的预付金，出院后结算时更可免交50％的医疗总费用;白血病、血友病、再生障碍性贫血、恶性肿瘤慢性肾脏衰竭5种大病专科门诊治疗费用，也可由少儿住院基金按规定支付50%，基金支付的医疗费用每人每年最高金额累计可达10万元。
根据今年9月1日起实施的《上海市中小学生和婴幼儿住院、门诊大病基本医疗保试行办法》，参加上海少儿学生基本医保的保障对象若发生各类住院医疗费用，以及白血病、血友病、再生障碍性贫血、恶性肿瘤放疗、化疗及肾移植前透析治疗和手术后抗排异治疗等专科门诊的医疗费用，在医保范围内的所有费用，通过该系统可报销50%。上海户籍少儿学生参加该保障的费用由政府统一支出，暂时无需个人负担。
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