当一家金融机构满足存贷比的约束下仍有大量流动性，却没有足够生息资产时，如何对冲负债成本与负债增值成为重要问题，此时出现了存放同业。作为资金接收方的金融机构配置同业存放款项用于多项生息资产，实现资本的增值。因此同业存款的作用和协议存款有很大的不同。
从银监会考核的角度来说，同业存款和协议存款最大的区别是，同业存款不计入贷存比考核，但是协议存款纳入贷存比考核。协议存款有降低存贷比、扩大存款规模的好处，所以可以看到一般银行在月末考核贷存比的时候，比较需要协议存款。同业存款的作用一般是两种，一是做为准备金，二是用来配备同业资产来补充头寸，因此可以视同银行的现金资产。
四、作用不同
同业存款的定价基准参考shibor，还有各家商业银行资产负债部资金转移定价系统（FTP）给出的定价，定价的关键在于各家行的FTP如何进行运作，如果资金中心与业务经营单位全额转移资金的价格（即内部资金转移价格，又称FTP价格）不高的话，存款价格通常议价的幅度提不上去，尤其是大型银行。
信用卡，协议存款与同业存款的异同存款利息自利率调整之后分段计算。若人民银行向下调整基准利率，协议存款利率不调整。
基准利率调整幅度=调整后的基准利率—调整前的基准利率
协议存款利率=调整前的协议存款利率+基准利率调整幅度
养老保险的协议存款的定价基准随基准利率变化而浮动，这里的基准利率是指储蓄存款利率。中国人民银行在关于办理养老保险个人账户基金协议存款的通知里规定，基准利率为协定整存整取储蓄存款利率。在双方商议确定协议存款利率后，该协议存款到期前，如遇人民银行向上调整基准利率，应按以下公式确定利率：
险资的协存利率在双方商议确定协议存款利率后，在该协议存款到期前，一般无法跟随基准利率进行调整，以固息为主。而且理论上来说，协议存款是不能在到期前提前支取并利率不变的，提前支取这个条款常见于基金的同存，尤其是货币基金，因为根据证监会规定，可以不计入30%的存款比例。
协议存款与同业存款的异同三、操作手法和定价基准不同
再如保险公司：保险资管受托管理的保险公司资产，可以做保险公司协议存款，因为来源是保险资金，这笔存款应该被归入一般性协议存款。除此之外，险资还能做普通定期存款（普通定期存款不议价，按挂牌利率存，一般在预期降息前快速做大存款规模时常用这种）。保险资管管理的资金同时还包括了年金户，资管公司资本金和保险资管发行的理财产品，这三种资金由于不属于保险资金，只能做同业存款，比如很多保险公司发行的存款系列理财产品。
例如基金公司：基金公司管理的资金来源是众多的小额投资者，其资金属于有金融机构许可证的存款，因此只能做同业存款。对于基金公司自有资金：目前每家基金公司自有资金一般只有1-3亿，少数达到5亿[1]，由于规模较小，目前尚无限制规定属于何种存款。
如何界定存款的性质，取决于其存款来源资金的本质。
二、如何界定存款性质—看资金的本质
信用卡，协议存款与同业存款的异同广义的协议存款就是指同业存款，两者在合同上都体现为“协议存款”，那是因为两者都是存款人和存款银行进行协商确定的。
同业存款是指有金融机构许可证的单位在银行的存款。包括其他商业银行、政策性银行、邮政、证券公司、信托、期货、住房资金等。
该类存款可作为存款类金融机构的长期资金来源，不属于同业存款，应计入存贷比指标。协议存款可以提前支取，其协议存款凭证可用做融资质押物。
狭义的协议存款定义最早来自于《关于同意商业银行试办保险公司协议存款的复函》（银函〔1999〕338号）。与一般性存款最大的不同点在于：保险公司协议存款仅限于商业银行法人对中资保险公司法人办理，且协议存款期限仅限于5年以上（不含5年），5年期以下（含5年）存款仍按同期同档次法定存款利率执行，协议存款最低起存金额为3000万元。
狭义的协议存款指商业银行根据中国人民银行或中国银行业监督管理委员会的规定， 针对部分特殊性质保险资金开办的存款期限较长、起存金额较大、利率、期限、结息付息方式、违约处罚标准等由双方商定的人民币存款品种。
协议存款与同业存款的异同一、定义
在最近围绕着余额宝的讨论中，“协议存款”、“同业存款”等概念不断出现。国泰君安固定收益部研究主管周文渊日前撰文，文中就详细分析了协议存款和同业存款之间的异同。
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