在施用过程中应注意以下几个方面：随着农业的发展，普通化肥也不能满足作物需求，于是市场上出现了很多的新型肥料，而菌肥就是其中之一，菌肥是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。
对于翻浆的水田，一般不宜撒施，用喷雾的方法效果更明显。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫肥杀死生物菌。
对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。生物菌肥不是肥，菌肥的科学施用法，施用菌肥的适宜温度是25-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。另外，有的还要掌握湿度，例如，固氮菌适宜的土壤相对含水量是60%-70%。
若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合施用。应先施菌肥、隔48小时后，再打药除草。还应防止与未腐熟的农家肥混用。不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀鲜红生物菌。
因此，其取代量应做到前三年分别取代30%、40%、60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。
生物菌肥不是肥，菌肥的科学施用法 生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果较佳。
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