所以，很多菜农都有熏过溴甲烷后又重新有烂根死棵出现的经历。解决这个问题的办法是，溴甲烷残气散尽后，使用生物菌肥或生物菌，先以这些有益菌去占领无菌状态的土壤。首先占领是很重要的，因为无菌状态的“空白”不会长时间存在，杂菌会逐步回到熏蒸过的土壤中。包括根腐病菌都会卷土重来。但先在无菌的土壤中施入有益的生物菌和生物菌肥后，有益菌会很快繁殖成为蔬菜根际附近的有益优势菌群落，就能拮抗病原菌的重新侵入和繁殖，从而维持了蔬菜根系不被病原菌侵染。这种作用巩固了溴甲烷熏蒸土壤的效果，从道理上讲可以使这种效果无限期延长。起码可以延长多年。这就是为什么同是熏用溴甲烷，防烂根和死棵时有效时间不同的原因。有人说是一年，有人说是两年，有人说是多年有效。无疑在用溴甲烷熏棚后，接着应用生物菌和生物菌肥巩固效果，才能使防治根腐病达到水平。菜农的操作管理，如整地、浇水、施肥，以及定植苗木等活动，都会把病原菌和其它微生物重新引入土壤中。能使蔬菜根部的土传病害问题短期内能得以“彻底解决”，但也存在问题，那就是还会复发，究其原因是溴甲烷熏蒸过的土壤中的病原菌和其它杂菌，包括有益菌都会被杀灭，会形成无菌状态，但无菌状态不会永远保持下去。生物菌和生物菌肥适宜应用在经溴甲烷熏蒸过的菜地上，蔬菜根部病害严重时经溴甲烷熏蒸可以消毒，杀灭土壤中的病原菌。
溴甲烷熏蒸土壤后应用生物菌或生物菌肥的方式很多，可以用生物菌液蘸蔬菜根用或把苗盘湿透用，也可以先把生物菌肥施入土壤再定植苗木，还可灌根使用。
施生物菌肥须选适宜办法，根部病害轻或无根部病害的菜地，也可不用熏溴甲烷，而直接用生物菌或生物菌肥防治这些病害。
如果用作拌种可直接应用。使用纯的生物菌要预先加入营养丰富的草炭、麸皮、糖等，先养菌扩大数量后再用。
一则这种“解”远不能满足蔬菜生产的数量需要。应看作“解”有益，但不能为此而依赖这种“解”只用生物菌来解决肥的短缺。二是在我国北方大部分地区土壤较瘠薄，依靠解是无源之水。应用生物菌肥不宜太看重解磷解钾作用。
恰恰相反，在使用过程中应注意补充新的菌液或菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。施生物菌肥须选适宜办法，应用生物菌或生物菌肥要始终使用一种，不宜多种同时用，也不应经常更换不同种类。
杀菌剂中的铜制剂影响很大，就不要应用。而有些有益菌如毛壳菌则能抗杀菌剂，不必忌用，显然这是种例外了。毕竟生物菌也是菌，应用后生物菌可能被杀。但如果有益菌是细菌则应用百菌清、多菌灵等影响很小，如果有益菌是××杆菌，则菌种属细菌，细菌对铜制制剂敏感。施加过生物菌或生物菌肥应注意通常无须再施杀菌剂。
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