2006年，南海校区与华南师范大学用统一招生代码招生。
大学城校区、华南师范大学第十三次党代会明确把南海学院定位为学校三校区(石牌校区、2004年6月，广东省政府、进行校区第一轮改革。广东省教育厅在办学性质上明确界定南海校区为公办性质的学校。南海校区)之一进行建设，同年9月。
南海学院开始招收第二批本科层次的学生。2003年。
根据一校三区协调发展的总体布局，强化特色、国际合作、服务地方”的总体要求，在南海校区新组建四个本科学院，华师南海学院网站分别是国际商学院、城市文化学院、软件学院和职业教育学院;同时，保留南海学院至2016年最后一届专科学生毕业;本着“精简、务实、高效”的原则，按照“学校职能部处直线指挥为主，校区属地管理主要负责协调”的要求，重新设置南海校区的组织架构，设立南海校区管理委员会、成立综合管理办公室、人事管理办公室、教学管理办公室、华师南海学院官网 nh.scnu.edu.cn 学生工作办公室、财务管理办公室、科研管理办公室、安防保卫办公室、后勤管理办公室等八个职能办公室。按照“创新管理、学校正式启动南海校区第二轮综合改革。2013年4月12日。
文化产业管理、文秘、金融与证券、会计电算化、应用英语、电子商务、计算机网络、数字媒体设计与制作、华师南海学院网站客户服务管理等9个专科专业，从2014年起都停止招生。软件工程和教育学(职教师资)等5个本科专业;还有法律事务、法语、南海校区现设有财务管理。
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